第二十八条违反本条例第十一条第二款第四项规定，在饮用水水源一级保护区内使用化肥和化学农药的，由农业行政管理部门责令改正，并可处以一万元以上二万元以下的罚款。

违反本条例第十四条第一款第六项规定，在饮用水水源准保护区内新设规模化畜禽养殖场的，由农业行政管理部门报请同级人民政府责令限期关闭;逾期不关闭的，可以代为拆除，所需费用由违法行为人承担。

违反本条例第十四条第二款规定，现有畜禽养殖场未按照规范实施粪便生态还田或者用以生产沼气、有机肥料等的，由农业行政管理部门责令改正，并可处以一万元以上二万元以下的罚款。

第二十九条违反本条例第十八条第一款规定，新建、改建、扩建危险品装卸码头的，由港口行政管理部门报请同级人民政府责令限期拆除;逾期不拆除的，代为拆除，所需费用由违法行为人承担。

违反本条例第十八条第二款规定，港口经营单位未按要求采取污染防治措施的，由港口行政管理部门责令限期改正，并可处以二万元以上五万元以下的罚款。

第三十条违反本条例第十二条第一款第五项规定，进行危险品水上过驳作业的，由海事行政管理部门责令改正，并可处以二万元以上十万元以下的罚款。

违反本条例第十二条第一款第九项规定，冲洗船舶甲板或者向水体排放船舶洗舱水、压舱水的，由海事行政管理部门责令停止违法行为，并可处以二万元以上五万元以下的罚款。

违反本条例第十九条第一款、第二款规定，船舶在禁止航行的区域航行或者停泊的，由海事行政管理部门责令驶离该区域，并可处以五千元以上五万元以下的罚款。

违反本条例第十九条第三款、第四款规定，未按规定向海事行政管理部门报告或者未按规定配备相关设施设备的，由海事行政管理部门责令改正，并可处以二万元以上十万元以下的罚款。

第三十一条违反本条例规定的行为，法律、法规已有处罚规定的，从其规定。

第三十二条违反本条例规定，造成饮用水水源污染的，除依法对违法行为人进行处罚外，环保、港口、海事等有关行政管理部门还可以责令违法行为人消除污染;拒不消除污染的，可以委托专业机构代为消除污染，所需费用由违法行为人承担。

第三十三条环保、水务、港口、海事等有关行政管理部门及其工作人员违反本条例规定，有下列行为之一的，由其所在单位或者上级主管部门给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任：