医疗保险的管理不只是基金的管理，还包括对医疗服务的管理，且重点是对医疗服务的管理。与其他保险市场不同，在医疗保险市场中，保险公司除了保证在风险损失发生后根据合同向被保险人提供赔偿以外，还直接提供医疗卫生服务。由于医疗服务具有不确定性，医生和患者之间信息严重不对称，医生可以诱导需求，所以必须加强对医疗费用和质量的管理，方能实现基金的合理使用。随着医疗保险制度的不断发展，保险和医疗服务的提供出现整合趋势。如最有代表性的“健康维持组织”，就既是一个保险公司，又是一个提供医疗卫生服务的组织(常常是医院和医生构成的网络)。在这一形式下，医生有双重的“忠诚性”：对保险公司和对患者都是忠诚的代理人，因为这样最符合医生自身的利益。

在基本医疗保险已经基本实现全民覆盖的情况下，医保的目标已经不再局限于为部分人群提供疾病的经济风险保护，而是让全体国民在制度覆盖下公平地享有基本医疗服务。国际上实行全民医保体制的国家，DRGs(按疾病诊断相关组分类付费)等支付方式不仅成为医疗费用控制和质量控制的手段，更是成为医疗机构预算管理的重要工具。医疗保险对定点医疗机构医疗服务数量、质量、费用的均衡调控，对全社会医疗资源的配置将起到决定性的作用。也就是说，医疗保险的激励机制会直接影响医疗卫生事业的发展，医疗保险逐渐成为医疗行业管理的重要手段。而反过来医疗的发展也会影响医保基金的效率，倘若医疗服务的供给能力滞后于医保的发展，则医疗保险基金的投入事实上会形成类似通胀的结果——社会付了更多的费用却不能购买到与其对应品质的服务。因此，只有医保和医疗协调发展，公众才能真正享受到改革带来的实惠。

经办机构的选择可以更加开放。医保管理问题有宏观、微观两个层面：宏观的问题是谁来主管，微观的问题是谁来经办。微观层面，经办机构的模式选择是核心。从委托代理关系来看，无论哪个部门的经办机构，实质上都是政府部门的派出机构，医疗保险经办机构受政府和需方的双重委托，一方面代表政府行使管理职能，一方面代表需方利益与供方博弈。在供方、需方、保险机构和政府“三方四角”关系中，尽管保险机构处于主导地位，但供方则处于绝对优势地位。政府和医疗保险经办机构的目的都是为了减少信息不对称，矫正市场失灵。经办机构的执行能力，决定了医保制度的效率。事实上，当前医保经办机构的管理水平和能力都亟待提高，以适应医保制度的不断“升级”。