3、登记程序不统一

由于不同的登记机关办理不动产登记,所依据的登记规则各不相同。如土地登记主要根据《中华人民共和国土地登记规则》,而房产登记主要根据《中华人民共和国城市房屋权属登记管理办法》。不同的登记规范对登记程序的规定不尽一致,如《土地登记规则》第6条规定,土地登记依照下列程序进行：1.土地登记申请;2.地籍调查;3.权属审核;4.注册登记;5.颁发或者更换土地证书;而《城市房屋权属登记管理办法》第10条则规定,房屋权属登记依以下程序进行：1.受理登记申请;2.权属审核;3.公告;4.核准登记，颁发房屋权属证书。两者比较有以下不同：1.文字表述不同。“土地登记申请”是针对申请人而言,而“受理登记申请”是针对登记机关而言;2.审核不同。前者有地籍调查程序,而后者不需实地调查;3.公示程序不同。前者不要公示,而后者必需公示。登记程序的不统一导致登记机关各行其是,令当事人无所适从，严重损害了登记作为法律行为确认的统一性和权威性。

4、登记权属证书不统一

登记权属证书即登记机关颁发的不动产权利凭证。目前我国土地部门颁发的权属证书有《国有土地使用证》、《集体土地所有证》、《集体土地使用证》及《土地他项权证》;房产部门颁发的有《房屋所有权证》,《房屋共有权证》、《房屋他项权证》以及林业部门颁发的《林权证》。从诉讼意义上说,权利凭证的不统一,也不利于当事人取证、举证和质证,不利于纠纷的解决。由此，建立与登记机关相适应，颁发具有统一格式的权属文书，对改变和防止当前的混乱局面，维护不动产物权交易安全具有相当重要的价值。

5、登记效力各不相同

所谓不动产登记的效力,是指登记这一法律事实所产生的法律后果,即对当事人产生的实际作用。不动产登记的法律后果到底是债权合同的生效条件,还是物权变动的生效条件,相关法律的规定不尽一致。交易引起不动产登记的效力认定不一致。一方面,我国有关法律、行政法规和司法解释将不动产物权登记作为不动产交易合同生效的条件,如我国《担保法》第41条规定,当以合同设定抵押权时,抵押合同从登记之日起生效。这里显然指的是合同的生效条件,未经登记的抵押合同不发生法律效力。而另一方面,一些法律、法规及司法解释又将不动产物权登记作为物权变动的生效要件而非合同生效要件,如最高人民法院《关于审理房地产管理法施行前房地产开发经营案件若干问题解答》第12条规定：“转让合同签订后,双方当事人应按合同约定的法律规定,到有关主管部门办理土地使用权变更登记手续,一方拖延不办,并以未办理土地使用权变更登记手续为由主张合同无效的,人民法院不予支持,应责令当事人依法办理土地使用权变更登记手续”。因非法律行为引起不动产登记的效力规定,有悖物权理论。1990年《城市房屋产权管理暂行办法》第18条规定:“凡未按照办法申请并办理房屋产权登记的,其房屋产权的取得、移转、变更和他项权利的设定,均为无效。”这里并未对引起物权变动的原因作一区分。显而易见,这一规定不仅与物权理论相背,而且与我国继承法的有关规定相冲突。按照我国《继承法》第2条,继承人从被继承人死亡时起即取得被继承人遗产房屋的所有权,而绝不是继承人于房管部门进行变更登记后才取得遗产房屋的所有权。对此,我国《物权法》第29条明确规定:“因继承或者受遗赠取得物权的,自继承或者受遗赠开始时发生效力。”根据基本法优于一般法、后法优于前法的原则,上述办法应予废止或修改。这就解决了上述矛盾。