第三阶段：2002年党的十六大至2007年党的十七大。党的十六大报告进一步强调：按照政事分开原则，改革事业单位管理体制;十六届三中全会提出继续推进事业单位改革;四中、五中全会进一步提出加快推进事业单位分类改革。按照这些精神，各省区市都选择了一些领域和若干地市开展分类改革的综合试点。这期间，有9个省、区、市出台或研究拟定了分类改革方案，13个省、区、市对事业单位进行了摸底调查和清理整顿，7个省、区、市对事业单位进行了模拟分类，13个省、区、市推进了改革试点工作，其中进展较快的省、区、市已完成试点。各地开展事业单位分类改革综合试点的主要做法有：合理划分政事职责，把事业单位承担的行政职能划归行政机关，把机关承担的一些辅助性、技术性、服务性职能交给事业单位;推进事业单位社会化，建立事业单位法人登记制度，鼓励支持事业单位实行横向联合，变事业单位由国家举办、靠国家花钱为花钱买服务;对重复设置、业务相近、规模过小、任务已完成或严重不足的事业单位予以撤销或合并，将主要从事生产经营活动的事业单位转制为企业，部分具有行政职能的事业单位并入行政机关。这期间，文化事业单位改革试点成为事业单位改革的一个亮点。从 2003年7月开始，在党中央、国务院的领导下，在中央文化体制改革试点工作领导小组的具体指导下，在全国9个地区和35个单位进行了文化体制改革试点。试点将文化事业单位分为公益性和经营性两类，前者以增加投入、转换机制、增强活力、改善服务为重点，后者以创新体制、转换机制、面向市场、壮大实力为重点。经过试点，文化事业单位的体制机制有了较大突破，一大批事业单位通过改革焕发了生机与活力。2005年底，党中央、国务院下发了《关于深化文化体制改革的若干意见》，文化事业单位改革全面推进。在从2003年开始的农村配套改革的乡镇机构改革中，把乡镇事业单位改革作为一个重要方面，结合乡镇行政机构一并进行改革。