第二阶段：1992年党的十四大到2002年党的十六大。1993年，党中央印发的《关于党政机构改革的方案》和《关于党政机构改革方案的实施意见》中明确提出，事业单位改革的方向是实行政事分开，推进事业单位的社会化。各级党政机关尤其是中央和省级机关要减少对事业单位的直接管理，有条件的事业单位要下放;打破部门所有制和条块分割，拓宽事业单位的服务领域，使事业单位成为面向全社会提供服务的独立法人，促进事业单位与经济建设相结合;鼓励集体、企业、个人和各种社会力量兴办事业单位;事业单位在职能、人事制度、工资制度、管理体制等方面，都要与党政机关区别开来。事业单位按照经费的不同来源分为三类：一是经费自收自支的，享受企业的各项自主权，实行企业化管理;二是由国家实行差额补助的，政府在管理上适当放活;三是国家全额拨款的，其数量和规模从严控制。这期间，事业单位的改革，结合党政机构改革同步进行。在此基础上，1996年，中办、国办印发了《中央机构编制委员会关于事业单位改革若干问题的意见》。这是党和国家就事业单位改革下发的第一个专门文件。文件提出了事业单位改革的指导思想和目标，以及事业单位改革的具体措施：合理划分党政机关与事业单位职责，行政管理职责原则上交归行政机关，党政机关分离出来的一些辅助性、技术性工作由事业单位承担;遵循区域覆盖和就近服务的原则，按照区域经济和社会公益事业发展的要求，对事业单位的设置进行统筹规划;中央和省市所属事业单位，主要为所在地服务的，下放给所在地管理;积极发展既为社会主义市场经济所急需又在经费上实行自收自支或企业化管理的事业单位，压缩不适应国民经济和社会发展需要的事业单位。按照这一文件，主要从事生产经营活动但作为事业单位管理的事业单位，原则上改为企业;一些实行企业化管理可以主要由市场引导资源配置的应用技术开发单位等，并入企业或改办为科技先导型企业。为了使事业单位改革有可供遵循的具体政策，这期间党中央、国务院下发了一系列具体文件，主要有：1998年7月，国务院印发了《关于调整撤并部门所属学校管理体制的决定》，国办转发了教育部等部门《关于调整撤并部门所属学校管理体制的实施意见》;1998年12月，国办转发了国务院机关事务管理局、中央编办《关于深化国务院各部门机关后勤体制改革意见》;1999年2月，国务院转发了科技部、中央编办等5部门《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革的意见》;1999年4月，国办转发了国土资源部、中央编办、体改办《地质勘查队伍管理体制改革方案》;1999年8月，中办、国办下发了《关于调整中央国家机关和省、自治区、直辖市厅局报刊结构的通知》;1999年8月和2000年5月，国办分别下发了《关于清理整顿经济鉴证类社会中介机构的通知》、《关于经济鉴证类社会中介机构与政府部门实行脱钩改制意见的通知》; 2000年2月，国办转发了教育部等部门《关于调整国务院部门(单位)所属学校管理体制和布局结构实施的意见》; 2001年8月，中办、国办转发了中宣部、国家广电总局、新闻出版总署《关于深化新闻出版广播影视业改革的若干意见》。所有这些文件，对各类事业单位的改革都提出了具体政策，事业单位改革分领域不断推进。