此外，整合城乡医保制度还面临“管办”问题和政策可持续性等现实挑战。统一筹资政策、保障待遇、定点管理和基金管理等有很多工作需要完成。城乡居民医保制度整合意义重大，优点明显，但是也存在很多需要注意的地方。目前我国城乡二元的“医保”制度实际上是比较偏向于对农民进行制度性的保护的，是国家利用财政杠杆进行利益在城乡之间再分配的一种比较有效的手段和工具。当然，从长期来看，拆除这个制度性的二元结构是很必要的。但是在短期内，对于占中国绝大多数的中西部地区农村来说，以及对于沿海发达地区的贫困地区农村来说，要尊重各地的实际情况和现实困难，同时要采取逐步推进的策略，在意见实施过程中不能造成农民现行补贴标准的降低，确保城乡居民医保整合平稳进行。
