由于事业单位队伍庞大，种类繁多，情况较为复杂，绩效工资改革在最初两三年的进展都并不顺利。为此，2009年国务院决定对事业单位绩效工资改革实施“三步走”策略：第一步，从2009年1月1日起先在义务教育学校实施，解决中小学教师的绩效工资;第二步，从2009年10月1日起，在专业公共卫生机构和基层医疗卫生事业单位实施;第三步，在完成前两步的基础上，再将绩效工资推行至其他的事业单位。

现在距离提出事业单位绩效改革已有多年，人社部对外的说法是，该项改革已经基本完成，但业内人士的看法是，从全国范围来看，绩效工资制度的整体实施效果还很差，即便是在较早实施绩效考核的中小学教师、医院工作人员当中，也有很多矛盾和问题需要尽快解决。

中国劳动学会薪酬专业委员会会长苏海南表示，事业单位绩效改革难以有效推进的主要原因，一方面是事业单位绩效工资改革涉及事业单位较多，工资变革情况较为繁杂，针对不同岗位人员，尤其是专业技术人员的绩效考核标准很难量化。另一方面是地方财政压力较大，难以负担改革成本。

上述人社部专家分析表示，目前国家仅仅规定了事业单位绩效工资改革的一些基本原则，地方在制定具体绩效标准的时候自由度很大，往往容易走样。比如对中小学教师的绩效考核，目前大都是以课时为主，而对于医院大夫、护士的绩效考核，则要考虑医疗质量、服务质量、病人满意度等因素，因此很难划定合理的考核标准。

据悉，在继续推进事业单位实施绩效工资改革的同时，针对不同类型的事业单位的主要领导、高层次人才和普通专业技术人员，人社部正在制定一系列与之相配套的绩效考核新政措施。尤其是对事业单位的主要领导，将逐步建立激励约束机制，由主管部门依据岗位职责、工作业绩和贡献以及风险等因素，确定分配办法和收入水平