教育特色鲜明河海大学秉承90余年办学的优良传统和经验，坚持“致高、致用、致远”的教育理念，以水利为特色，以社会需求为导向，形成了理论教学、实践教学和科学研究三元结合的人才培养模式，通过不断优化整合课程结构，构建“宽口径、厚基幢教学平台，培养多规格高素质复合型人才。2005年，在教育部普通高等学校本科教学工作水平评估中被评为优秀。

河海大学建有国家工科基础课程（力学）教学基地，有国家级实验教学示范中心1个，国家精品课程9门，江苏省精品（优秀）课程58门，优秀课程群2个。水文与水资源工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、土木工程、环境工程、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、工程力学、热能与动力工程为国家级特色专业建设点；水文与水资源工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、土木工程通过验收为江苏省品牌专业；电气工程及其自动化、工程力学、给水排水工程、通信工程（常州）为江苏省品牌专业建设点；环境工程、计算机科学与技术通过验收为江苏省特色专业;地质工程、热能与动力工程、农业水利工程、思想政治教育、测绘工程、地理信息系统为江苏省特色专业建设点。

为培养基础宽、重实践、能力强、适应市场需求的高素质人才，河海大学部分本科专业试行按类招生。学生入校后按类在统一的教学平台上培养，一到两年完成基础课程后再进行专业分流。

为适应经济社会发展对学术精英和高素质创新型人才的需要，2009年7月，河海大学在举办多年基地强化班的基础上成立了大禹学院。大禹学院以国家重点学科为依托，是学校培养本科拔尖人才的专门学院。学院在课程通贯的基础上，实行本硕一体化的人才培养模式，推行小班化教学，实行导师制，并注重国际化交流和培养。大禹学院学生本科毕业取得学士学位且符合拔尖人才培养要求者就可推荐免试进入研究生阶段学习。2011年，大禹学院面向全国招收学生130人，其中水利类专业100人，工程力学专业（徐芝纶班）30人，入学后校内选拔30人，每年总招生规模为160人。

河海大学实施学分制管理，注重学生个性的发展和培养，鼓励优秀人才脱颖而出。优秀生若提前修满学分，符合提前毕业的条件可准予提前毕业；同时为优秀学生和确有特长的学生提供第二次选择专业的机会：需要转专业的学生，可在一年级下学期申请转专业,经批准在二年级上学期转入所申请的新专业学习。学生转入新专业后,只需按照转入专业的标准缴纳学费，不需要支付其他费用。