其实，中国政府检察官陈光虞根据十四个团体的调查，于1946年5月向远东国际军事法庭提出的南京大屠杀确定的被屠杀者294911人，未确定的被屠杀者20万人。同年九月，陈氏根据继续收到的确实资料，又增列被屠杀者96260人，故确定被屠者应为391171人。东京审判对南京大屠杀颇为重视，听取来自中国亲历目睹的中外证人十余人（包括贝德士、梅奇、威尔逊医生、许传音、伍长德、粱延芳、秦德纯等）的口头证言并接受了百余件书面证词，最后作出慎重的保守的判决∶

在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达15．5万人的事实就可以证明了。……这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体，投入到长江，或以其他方法处理的尸体在内。

1981年以来，在日本军国主义复活声中，日本文部省猖獗地窜改历史教科书，否认对华侵略和南京大屠杀。南京各文化学术团体，尤其是南京大学及中国第二历史档案馆，组织侵华日军南京大屠杀史料编辑委员会，重新调查研究并编写南京大屠杀的史料与著述。据1984年的调查，南京全市尚有仍健在的受害者、目睹者1700余人，他们接受采访的证言都收藏在1985年建立的侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆内。这番重新调查和研究的结果对于1947年中国军事法庭对南京大屠杀的判决作了一些补充，但重新肯定南京大屠杀的数目为34万人，即集体屠杀19万人，零星屠杀15万人。
南京大屠杀日军的下场：
抗日战争中，日军第十六师团是与一系列暴行密不可分的：开展百人斩杀人比赛；参与实施南京大屠杀……连当时的日本陆军部人事局长都说：第十六师团长中岛今朝吾的战斗指导是违背人道的。可见，第十六师团的暴行达到了多么严重的程度。那么，日军第十六师团究竟是一支怎样的部队，最终又是怎么覆灭的呢？
日军第十六师团是日本陆军甲等常设师团，装备精良，始编之年即参加了日俄战争
日军第十六师团于1905年在京都编成，其司令部设于京都，官兵主要来自京都、三重县和奈良县，故又称为京都师团。该师团为日本陆军甲等常设师团，装备精良，兵员满员，战斗力较强，在编成的当年即参加了日俄战争。
卢沟桥事变爆发后，日本开始了全面侵华战争。为此，日本进行了战争动员，开始大量征兵，作为甲等师团的第十六师团也由平时的18000人扩充到战时的约25000人。
1937年9月，第十六师团在天津塘沽港登陆，编入日军华北方面军第二军战斗序列。随后，曾参加过子牙河等地区的战斗。1937年10月底，第十六师团被编入上海派遣军战斗序列，由华北调往上海。此时的第十六师团，以中岛今朝吾中将为师团长，中泽三夫大佐为参谋长，下辖步兵第十九旅团，旅团长为草场辰已少将（辖步兵第九联队，联队长为片桐护郎大佐、步兵第二十联队，联队长为大野宣明大佐）；步兵第三十旅团，旅团长为佐佐木到一少将（辖步兵第三十三联队，联队长为野田谦吾大佐、步兵第三十八联队，联队长为助川静二大佐）；骑兵第二十联队，联队长为笠井敏松中佐；野炮兵第二十二联队，联队长为三国直福大佐；工兵第十六联队，联队长为今中武义大佐；辎重兵第十六联队，联队长为柄泽畔夫中佐。
在进军南京途中，制造了无数暴行，开展百人斩杀人比赛即为其一