海军衙门在光绪十四年的一份奏折中提到，每年所入不及300万两，而放款必须330万两，是以奏请由户部每年添拨洋药加厘税银200万两，臣奕譞发意以30余万两补放款之不足，以20万两分年缴还赏借三海修工之款，其余40余万两，一半修建颐和园等处工作，一半留为续办第二枝海军经费。无如郑工不完，户部无可添拨，现又奏请筹拨银数10万两，即使部议照办，仅能补放项正款之不足，于赏借之款及工作，海军一时均无从顾及。……所有颐和园等处接修各工，臣等惟有将现存之457500余两闲款，尽数撙节动用。38十五年六月十一日，奕劻又奏：通盘计算，海军经费果能按年全数解清，尚能勉强挹注，从今岁而论，即可每年腾挪银三十万两，拨交工程处应用。这两条材料是颐和园公开施工期间挪款的证据。十四年十二月，海署曾奏：余平、捐输两项，拟另款存储，专备工作之需。这笔款项究竟多少，当前是笔烂帐。据统计，光绪十三年至二十年海署克扣南北洋将士员弁薪粮及东三省练兵军饷的平余银共约80万两，皆被挪至园工。

从光绪十七年四月二十八日起，慈禧常驻颐和园，说明规模初具。可是工程仍在继续，并开始筹备慈禧六十寿诞庆典，海军衙门经费继续挪用于园工。是年二月十六日奕劻片称：查颐和园自开工以来，每岁暂由海军内腾挪30万两拨给工程处应用，复将各省督抚认筹海军巨款260万陆续解津发存生息，所得息银专归工用。……惟每年拨工之款原属无多，各省认筹银两亦非一时所能解齐。钦工紧要，需款益急，思维至再，只有腾挪新捐暂作权宜之计。所有工程用款即由新海防捐输项下暂行挪垫，一俟津存生息集有成效，陆续提解臣衙门分别归款。八月二十五日，奕劻、福锟奏：此次奉报出使经费197万两款内，已于本年四月间准总理衙门咨开奏准，暂行借拨颐和园工程银100万两，由津生息项下按年尽数归还。

虽无法找到颐和园挪款的全部细帐，但以上几条材料是有其内在连续性的。从中计算，海署挪款共400余万两。此外，据考证，海署自光绪十二至十四年共收海防捐157.7万余两，光绪十五年至甲午战前共收海防新捐200万两，也都流入园工。
应该指出，挪用于颐和园工程的，是海军衙门经费，而非北洋海防协饷。五至二十年间，北洋海防协饷收入基本稳定，平均约137万两，高于前十四年的平均数。奕譞、奕劻主持园工，筹措经费，给人以海署即颐和园工程处的印象。但修园经费却非海署独任。梁启超称，自马江败后，群臣竞奏请练海军，备款3000万……颐和园工程大起，举所筹之款，尽数以充土木之用。太监王世和言，海军各堂司仅为贪污中饱而谋修清漪园，动款300余万。这些说法，与海军经费筹集的一般规律相差太远。海署除维持海军及年拨100万两充东北练饷外，要在光绪十四至二十年中另外筹款2000万两或3000万两（即平均每年另筹300至400万两）是不可能的。梁启超文章自在于鼓动反对慈禧的专制统治，言过其实，不能据作信史。海军发展受阻固然与园工有关，但是还应从清政府整个财政状况去作进一步的分析。园工而外，十四年光绪帝婚礼耗资达500万两，户部又拨郑州河工600万两，山东河工200万两，及新铸制钱工本……经费窘迫，可想而知。十四年《北洋海军章程》制定后，朝野普遍认为北洋舰队已经成军，李鸿章也吹嘘就渤海门户而言，已有深固不摇之势。在多种因素作用下，户部于光绪十七年规定南北洋两年内停购外洋船炮。撇开全局不论，把海军扩充停滞完全归咎于慈禧太后个人纵欲奢侈，是不符台历史真实的。
260万两海军巨款事件。十四年九月，醇亲王奕譞致函李鸿章，透露万寿山用款不敷，嘱其与各地督抚设法集款200万两存储生息，以备分年修理。李鸿章悟出此乃慈禧的意旨，立即通报粤督张之洞、江督曾国荃、湖督裕禄、鄂抚奎斌、川督刘秉璋、赣抚德馨等人，布置各地报效。他对张之洞说：窃以粤中指款名目繁多，若能酌节用项，分次匀提，正与朝旨邸教不动正款主意相合。每年得20万，五年积成100万，则尊处已独任其半。此外南洋各处一二善国，从而附益，便可观成。他对曾国荃讲得更为露骨：邸意所注，首望香帅，次则台端。……但当频年搜刮之后，何处得有闲款？目前需用已亟，无论正杂各款，均可移缓就急，分年提解。各地督抚心领神会，争先恐后，结果合计集款竟达260万两。为了掩人耳目，这笔款项被称为海军经费，存诸北洋生息，按年解京，以补正杂款之不足。本银专备购舰、设防一切要务。不久，御史林绍年上奏要求停止报效，竟遭朝旨严行申斥，而李鸿章、张之洞及所有参与筹解海军巨款的督、抚、藩、臬、运司却受到奖叙。这一事件充分暴露清廷的腐败，吏治的黑暗。确切地说，这260万两巨款是不能算在海军账上的。