第二天，南京的宪兵即加强了对街头的巡逻，遇有闹事的日军则立即关押起来。经过一段时间的整顿，南京的秩序好了许多。随后，南京警备司令部收缴了冈村宁次司令部的武器装备，并将其司令部改为日本官兵善后总联络部，冈村宁次任联络部长官。对冈村宁次本人的行动，南京警备司令部也作了限制，以前，冈村宁次可以随便出入营区和市区，限制后，他每次外出都得事先由其副参谋长今井武夫向警备司令部请假，并报明外出的地点、时间和行动路线，经批准后才允许外出。而且在其外出时，警备司令部及时通知沿线的宪兵部队加强警戒，这样做一是防备他随便更改路线，从事阴谋活动，二是防备沿途的老百姓袭击他的汽车。因为他每次外出都在汽车上插上日本国旗，很容易成为市民的袭击目标。同时，对日军设在南京的慰安所也予以查封，把招牌砸掉，所有从业的妇女一律遣散。

为了使中国方面放松对他的监督管制，冈村宁次极力讨好当时的南京警备司令邱维达，想方设法打通关节。某天，他派人带着一套咖啡饮具来到邱维达办公室对邱说：这套咖啡饮具是闻名于世的日本名古屋瓷器，司令官叫我送来，请您务必收下。邱维达当然领会其用意，便对来人说：我们中国军队是不兴这个的。随即给退了回去。但过了两天，此人又来了，对邱维达说：我们司令官那里有一套红木办公家具，我们没有用它，给您送来好了。邱说：没有必要，这样不是也能办公吗？从此，冈村宁次才不再献殷勤了。

日本投降前夕，冈村宁次即用专机将家眷送回了日本。在以后的日子里，由于没有家眷陪伴，生活上不免感到孤寂凄冷，他本来有许多爱好，打网球、骑马、打猎、下棋、垂钓等，但在行动受到限制后，他也就无心顾及这些了。和许多日本军国主义分子一样，冈村宁次对日本的失败是很不甘心的，就在日本天皇宣布投降后，他还向大本营梅津参谋总长发电：派遣军拥有百万大军，且连战连胜，以如此优势之军队而由软弱之重庆军解除武装，实为不应有之事。

他留驻中国多年，对中国的国情，特别是对中共两党的矛盾，了如指掌，沦为侵华头号战犯，他深知自己难逃罪责，妄图趁国共矛盾之机为国民党集团卖力反共，戴罪立功。受降仪式结束不久，冈村便急忙向陆军总司令何应钦建议说：中国最大的内患，是共军部队的实力庞大，不可小视。现在华中长江与黄河尚有30万日军，建议暂不缴械，由本人率领，在贵司令的统一指挥下帮助国军围剿共军，贵方只需负责供应给养，其他武器、弹药、医务方面概由我们自己解决。冈村宁次的这个建议，何应钦非常赞赏，但毕竟事关重大，他不敢贸然作主，于是派亲信冷欣中将乘专机赴重庆向蒋介石请示。蒋介石深知民心不可侮，如果用投降日军帮助国民党军队打本国同胞，必将遭到全国人民最强烈的反对，这对国民党的统治是极为不利的；退一步说，即使假日军之手把共产党打垮了，自己脸上也不光彩。因此，这个建议最终没有被采纳。

日本投降后，作为侵华日军的头号战犯，冈村宁次本应交由中国人民审判，而且盟军最高统帅部也一再向南京政府提出要对冈村宁次进行审判。国民党集团内部的大多数人也赞成将其判处死刑或无期徒刑。但由于国民党高层亲日的何应钦、陈诚、汤恩伯、刘斐、阎锡山等占据上风，所以在很长时间内，冈村宁次不仅没有受到审刑，而且还一直享受优厚待遇。东京国际军事法庭也将冈村宁次列入战犯名单，几次传其到庭受审，但都被南京政府以其有病为由予以拒绝，后来，在全国人民的强烈要求下，南京政府才对他进行了象征性的审判。1948年3月，冈村宁次离开南京到上海，对外讲是监内候审，实际上是将其秘密安排在黄渡路一住宅居住。1949年1月初，冈村宁次被宣判无罪。1月31日，他由上海乘轮船回到日本，结束了他在中国的日子。