1989年，苏军撤出阿富汗。拉登返回沙特的家乡。在此后的5年多，拉登与中国没有任何关系。然而这段时间发生的一些事情，却使拉登大为震惊，并使其人生轨迹发生了转折，由一个反苏英雄和沙特富翁，变成了反美斗士和国际恐怖主义大亨。

　　1990年伊拉克侵占科威特时，沙特国王法赫德拒绝了拉登利用基地组织召集抗苏老兵对抗萨达姆的请求，转而向美国求援。对于50万美国大兵的军靴踏上沙特神圣土地这一事实，拉登根本无法接受。于是，深受刺激的拉登便开始暴力反沙特和反美。不久后他前往也门和苏丹，支持各种激进人士从事反美活动。1994年他的沙特国籍被剥夺。1996年，拉登被苏丹驱逐，回到了当时被塔利班刚刚控制的阿富汗，这是他最后一个公开的避难所。

　　拉登重返阿富汗后，与中国的关系进入了后半阶段。在这个阶段，两者关系由过去事实上的合作，变成了此时公开的敌对。

　　拉登属于伊斯兰原教旨主义派中最为激进的势力，他的政治理想有两大原则，一是穆斯林的土地不能由"外人占领"。他力主犹太人撤出巴勒斯坦，美军撤出沙特，西班牙退出安达卢西亚，俄国撤出车臣等北高加索地区，印度撤出克什米尔，中国"撤出新疆"等等。二是建立严格按照伊斯兰基本教义行事的"美好社会"。为实现其理想，他在1996年返回阿富汗后，与塔利班密切合作，在塔利班管辖区设立了数十个恐怖分子训练营，招募、吸纳和培训来自世界各地的恐怖分子。这些恐怖分子在训练营学会各种从事恐怖活动的技能后，回到原来国家从事分裂和恐怖活动，这其中的许多人，是来自中国以"疆独"为目标的分裂和恐怖分子。

　　中国"疆独"势力的活动由来已久，但以前大多是在境外，行动分散，规模、能力和影响都很有限，不成气候。90年代初，苏联解体和中亚各国独立，这些国家内部都出现了过渡时期的社会紊乱，宗教、民族等极端主义势力乘机冒头。这给"疆独"分裂势力以很大鼓舞，也给其膨胀带来了外在机遇。但在中国境内的"疆独"势力内部，却存在组织涣散、经费短缺、行动能力有限、境内外协调不力等诸多困扰，亟需有人加以扶持。而热衷于输出伊斯兰原教旨主义的拉登，从其政治理想出发，认为基地组织同疆独是天然盟友，全力支持疆独责无旁贷。于是，拉登与疆独两者一拍即合。1997年，也就是拉登重返阿富汗一年后，疆独诸多派别中势力最大、最为激进的"东伊运"（东突厥斯坦伊斯兰运动）在阿富汗成立，其主席兼任"基地"组织顾问。疆独势力的组织化程度明显提高。拉登的基地组织为疆独主要是"东突"分裂恐怖势力，提供了大量的活动经费和物资援助，如武器弹药、交通工具、通讯设备等。更为关键的是，自1997年起，基地组织在阿富汗训练营地培训新疆籍恐怖分子，送往阿富汗战场进行实战锻炼，然后再派遣回新疆进行恐怖活动。曾先后有来自10个"东突"分裂组织的1000多名骨干分子，在基地组织设在阿富汗坎大哈、马扎里沙里夫、霍斯特、呼苏提等地的恐怖主义训练营中，接受过诸如爆炸、暗杀、绑架、投毒、纵火等恐怖技能训练。这些人受训后，有的被秘密派遣回中国境内发展恐怖组织，策划从事恐怖活动；有的加入阿富汗塔利班和基地组织；有的则参与了俄罗斯车臣恐怖势力和中亚地区的恐怖活动。在塔利班军队中，就曾出现过由"东伊运"分子组成的"中国营"，全部由来自新疆的约320名恐怖分子组成。

　　得到拉登大力支持的疆独分裂势力，恐怖能量与影响力大大增加（见附录），20世纪90年代到21世纪初，他们在新疆实施暴力恐怖案件250多起，造成造成162人丧生，440多人受伤和大量公私财产被毁，严重影响了新疆的稳定，也威胁到了中国的国家安全。