从法理上讲，事业单位的聘用合同与劳动法上的劳动合同都属于有名合同，分别由《条例》和《劳动合同法》等调整，二者之间的区别是明显的。但是，聘用合同与劳动合同又存在立法上的密切关联。《劳动合同法》第九十六条规定：“事业单位与实行聘用制的工作人员订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规或者国务院另有规定的，依照其规定;未作规定的，依照本法有关规定执行。”这就是说，《条例》和《劳动合同法》构成特别法和一般法的关系，对于《条例》没有做出特殊规定的内容，应当适用《劳动合同法》。例如，《条例》规定了事业单位和工作人员单方解除聘用合同的制度，未规定、且未禁止双方协商解除聘用合同，此时应执行《劳动合同法》第三十六条：“用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。”又如，《条例》第十九条提及了聘用合同的依法终止，但并未就终止的情形做出规定，此时就应执行《劳动合同法》第四十四条。

第三，应当从发展完善的视角把握《条例》与事业单位法律改革的关系。一是，我国事业单位实行人事管理制度，其在用人机制、管理体制、激励机制等都具有特殊性。如何实现人事管理制度与劳动关系制度的有效衔接，是我国建设统一人力资源市场的紧迫课题，也得到了广大群众的高度关注。从法律角度攻克这一难题，一要注重公平，理顺工资和福利待遇、退休和养老待遇问题等;二要促进流动，实现不同用人机制下人才的多向交流，破除阻碍人员流动的体制性障碍。党的十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》，要求“改革机关事业单位工资和津贴补贴制度”，“推进机关事业单位养老保险制度改革”，并“完善党政机关、企事业单位、社会各方面人才顺畅流动的制度体系”。《条例》设专章规定了工资福利和社会保险事宜，规定“国家建立激励与约束相结合的事业单位工资制度”，并要求“事业单位工资分配应当结合不同行业事业单位特点，体现岗位职责、工作业绩、实际贡献等因素”;建立事业单位工作人员工资的正常增长机制;实施法定工时休假制度;实施法定退休和社会保险制度。这些规定为事业单位改革指明了方向，但有待相关部门制定操作性规范加以落实。

二是，《条例》在完善人事争议处理方面迈出了步伐，后续改革应当跟进。《条例》设专章规定了人事争议处理制度，完善了申诉、仲裁、诉讼相互联系的争议处理制度体系。今后可从两个方面跟进改革：一是推进人事争议调解的制度化、法治化。调解是解决人事争议最为快捷、成本最低的方式，一些地方已经出台规定，建立专门的人事争议调解组织，规范调解程序。应在国家层面适时对人事争议调解做出统一规定。二是加强对于人事争议审判的指导。最高人民法院2003年出台了《关于人民法院审理事业单位人事争议案件若干问题的规定》，将事业单位与其工作人员之间因辞职、辞退及履行聘用合同所发生的争议纳入诉讼范围。《规定》仅有三条，各地法院虽然也出台了一些审判指导文件，但是对人事争议审判的指导意义有限。《条例》规定了人事争议“依照《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等有关规定处理”，明确了事业单位人事争议处理要与《劳动争议调解仲裁法》对接。今后可根据《条例》要求，在总结审判实践经验的基础上，统筹劳动人事争议审判机制，完善我国人事争议诉讼制度。