本条规定的“宪法确定的基本原则”主要是指“四项基本原则”即：坚持社会主义道路，坚持人民民主专政制度，坚持中国共产党的领导，坚持马列主义毛泽东思想。四项基本原则是立国之本，也是治国之策。它系统规定了国家的方向和道路、基本的政治基础、领导力量和意识形态。不坚持甚至否定四项基本原则，就会导致资产阶级的自由化，就会犯基本的政治错误。本条例和《社团登记管理条例》均明确规定了民办非企业单位和社会团体不得反对宪法确定的基本原则，这是从法律上和政治上对他们提出的基本要求，同时也是针对少数民办非企业单位和社团等非法民间组织，公开要求修改宪法，要求取消宪法序言(四项基本原则就是在宪法序言中规定的)而设定的。根据宪法的规定我国公民享有广泛的权利和自由，其中包括言论和结社的自由。但是，这些自由必须被限定在法律允许的范围之内，对于连宪法确定的基本原则都予以否定的公民，法律又如何能给予他违反宪法的自由呢。

民办非企业单位不得危害国家的统一、安全和民族的团结。我国宪法规定：“中华人民共和国公民有维护国家统一和全国各民族团结的义务”(宪法第52条)，“中华人民共和国公民有维护国家的安全、荣誉和利益的义务，不得有危害国家安全、荣誉和利益的行为”(宪法第54条)“一切国家机关和武装力量、各政党和各社会团体、各企业事业组织，都必须遵守宪法和法律”。“一切违反宪法和法律的行为必须予以追究"。(宪法第5条)国家的统一、安全和民族的团结是国家长治久安、和平繁荣的基础，三者是紧密相连、密不可分的，没有国家的统一，国家的安全就缺乏保障，没有民族的团结，国家的安全也会受到威胁。维护国家的统一首先要维护国家的领土完整，不搞地区分裂和民族分裂，维护国家的统一还要维护主权的统一和法制的统一;不破坏民族团结首先要尊重其他民族，尤其是少数民族的传统、风俗和习惯，保障少数民族的民族自治权，不得煽动民族仇恨、民族歧视。

对于危害国家安全的行为，我国国家安全法和刑法均规定了严厉的处罚。根据这些法律的规定，危害国家安全的行为主要是指以下几种：(1)阴谋颠覆政府、分裂国家、推翻社会主义制度的;(2)参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的;(3)窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密的;(4)策动、勾引、收买国家工作人员叛变的以及进行其他破坏国家安全的行为。对于危害国家安全构成犯罪的，要依照刑法的规定严厉打击，对于特别严重的危害国家安全的犯罪分子，依照刑法的规定，可以判处死刑。