塔里木大学现有10个学院（植物科学学院、动物科学学院、生命科学学院、水利与建筑工程学院、信息工程学院、机械与电气化工程学院、人文学院、经济与管理学院、高等职业技术学院、成人教育学院），1个省部共建国家重点实验室培育基地、1个省级重点实验室、34个校级实验室，设有新疆南疆区域科技创新基地、西域文化研究所、非传统安全与边疆民族发展研究中心、环塔里木经济研究中心、棉花研究所、园艺研究所、食用菌研究所、南疆畜禽疫病诊断中心等研究机构。学校现有4个一级硕士学位点，19个二级硕士专业学位点，1个专业硕士学位点，40个本科专业，涉及7大学科门类，4个国家级特色专业建设点，2个省级实验教学示范中心、1个省级教学团队、13门省级精品课程、50门重点建设课程、80多个校内外教学实习基地。“十五”以来，学校围绕“环塔里木生物多样性和文化多样性”为研究特色，承担各级各类科研项目490多项，其中251项省部级课题，973前期项目、国家自然科学和哲学社会科学重点项目、哲学社会科学基金项目74项，共获得科技成果131项，发表学术论文3200多篇，出版专著和教材60余部。
　　学校加强与国内外高校、科研院所在科学研究、人才培养等多方面的合作和学术交流，特别是与武汉大学、华中农业大学、东北农业大学、兰州大学的对口支援取得实质性进展，并与中国科学院、北京理工大学、大连理工大学、台湾静宜大学、美国塔尔顿大学等国内外高等院校和科研院所签订了合作办学协议。
　　学校与南疆各地州、兵团农牧团场紧密联系，走产、学、研相结合的道路，积极开展科技服务。学校先后选派20多名科技副县（团）长到地方和团场挂职。在科技咨询、推广方面，派出教师和学生参与科技服务达10000多人次，培训各类人员3万多人次，为自治区和兵团经济社会发展做出了积极贡献。
　　学校自建校以来，已为国家培养输送毕业生3万多名，大多数毕业生已成为自治区和兵团的专业技术、科学研究和管理方面的骨干，下得去、留得住、干得好，社会认可度高，用人单位评价好。据自治区人事厅、教育厅统计公布，我校毕业生一次性就业率连续九年排在自治区高校的前列，彰显了“沙漠学府用胡杨精神育人，塔河明珠为兴疆固边服务”的鲜明办学特色。2007年9月教育部本科教学工作水平评估取得优秀。教育部领导来校视察时评价说“塔里木大学是大漠中的一颗明珠，是全国高校的一支奇葩。”
　　教育部落实中央新疆工作座谈会精神，确定中国农业大学、浙江大学、华中农业大学、北京化工大学、东华大学等五所大学团队式对口支援塔里木大学。在新的历史时期，学校迎来了新的发展机遇。我们将坚持科学发展观，全面贯彻党的教育方针，遵循高等教育发展规律，以兵团和自治区经济社会发展为导向，以人才培养为根本，以学科建设为核心，以改革创新为动力，培养政治可靠、专业过硬，具有创新精神和创业能力的高级应用型人才，按照“做塔里木文章、创区域性优势”的发展思路，立足南疆，面向兵团、服务新疆、辐射西部，努力把学校建设成为整体办学水平较高，优势学科处于国内先进水平，特色学科国际有影响的综合性大学。