《处罚规定》仅适用于国有单位，而《条例》则将非国有单位和个人的财政违法行为也一并纳入调整范围。

2.明确规定了执法主体及其权限。

执法主体：财政机关、审计机关、监察机关或任免机关

《条例》第二条规定：“县级以上人民政府财政部及审计机关在各自职权范围内，依法对财政违法行为作出处理、处罚决定。省级以上人民政府财政部门的派出机构，应当在规定职权范围内，依法对财政违法行为作出处理、处罚决定;审计机关的派出机构，应当根据审计机关的授权，依法对财政违法行为作出处理、处罚决定。”同时规定了监察机关或者任免机关，对有财政违法行为的单位，其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，以及有财政违法行为的个人，属于国家公务员的，依照人事管理权限，依法给予行政处分。这就明确了财政部门、审计机关和监察机关是对有财政违法行为的单位和个人追究法律责任的执法主体。

3.区别不同主体分别规定财政违法行为。

1987年的《暂行规定》是不区分违法行为主体是机关还是企业，而《条例》对于财政违法行为的形式的界定和相应处理规定，主要是区分国家机关和企业这两个主体分别加以规定的。这样分别不同主体来制定条款，主要是根据这不同主体不同的财政财务体制和管理体制来确定的，这样来设置条款内容是为了执法时便于操作、便于落实。因为从法律地位看，国家机关与企业的性质不同，财政违法行为所呈现的特点和表现形式也不尽相同，不宜采用同样的制裁措施。由于国家机关是非营利单位，行政经费及其工作人员工资都来源于财政拨款，如果对国家机关予以罚款处理，其资金来源最终还是要由财政来承担，不仅难以操作，而且惩戒的效果也不理想。相反给予特别在意职位升迁和相应待遇的问题的国家机关工作人员给予行政处分、尤其是给予责任人行政处分会产生更好的惩戒效果;那么企业属于营利单位，最害怕遭受经济损失和丧失经营权，对其罚款又有资金来源的保证，因此给予罚款会产生惩治效果。因此，《条例》明确规定了对国家机关的财政违法行为主要予以处理，一般不进行罚款，对单位可给予警告或通报批评，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予行政处分，并且突出加大对有关人员的处分力度。

4.增减了财政违法行为的种类。

《条例》具体规定了17类财政违法行为，这些行为是从现实生活中发生的近400种具体财政违法行为中归纳和概括出来的，基本涵盖了目前实践中发生的财政违法行为。