| 南京医科大学历年排名表 | |||||
| 年度 | 全国排名 | 省内排名 | 分类 | 分类排名 | 总分 |
| 2018 | 139 | 15 | 医科 | 9 | 62.03 |
| 2017 | 130 | 15 | 医科 | 8 | 61.93 |
| 2016 | 162 | 17 | 医科 | 11 | 62.14 |
| 2015 | 164 | 16 | 医科 | 12 | 62.12 |
| 2014 | 107 | 10 | 医科 | 6 | 63.19 |
| 2013 | 86 | 10 | 医科 | 3 | 62.09 |
| 2012 | 84 | 10 | 医科 | 2 | 4.89 |
通过上述南京医科大学排名走势图可以看出，相对于2017年，南京医科大学在全国排名中下降了9名；在江苏省内排名保持不变；在医科类院校中排名下降了1名。
四、南京医科大学在全国的排名位次
在2018年全国高校排行榜中，和南京医科大学排名比较接近的大学有河南科技大学和西安建筑科技大学，不想就读南京医科大学的同学，可以考虑下这两个学校。另外排名和南京医科大学比较接近的大学还有：
