2018中国大学排行榜中，南京医科大学的排名情况是：
[1]在中国高校700强中，南京医科大学排名第139名，相对于2017年排名上升了9名。
[2]在江苏所有高校中，南京医科大学排名第15名，相对于2017年排名保持不变。
[3]在所有医科类大学中，南京医科大学排名第9名，相对于2017年排名上升了1名。
| 南京医科大学历年排名表 | |||||
| 年度 | 全国排名 | 省内排名 | 分类 | 分类排名 | 总分 |
| 2018 | 139 | 15 | 医科 | 9 | 62.03 |
| 2017 | 130 | 15 | 医科 | 8 | 61.93 |
| 2016 | 162 | 17 | 医科 | 11 | 62.14 |
| 2015 | 164 | 16 | 医科 | 12 | 62.12 |
| 2014 | 107 | 10 | 医科 | 6 | 63.19 |
| 2013 | 86 | 10 | 医科 | 3 | 62.09 |
| 2012 | 84 | 10 | 医科 | 2 | 4.89 |
