元朝时，西藏正式成为元朝的行政区，设宣政院，统领宗教事务和管辖西藏地区，称为宣政院辖地。元政府封西藏地区佛教首领八思巴为"国师"，忽必烈请八思巴创制了蒙古文字，称为"八思巴蒙字"，密切了蒙藏的联系。 明朝设乌思藏都司管辖今西藏地区，设立卫所，任用藏人担任各级官吏；建立僧官制度。整个明代，西藏各教派势力都一心拥护中央政府。