但此项政策的落地仍然有几大难题待解。张大伟分析称，对于不同城市来说，公积金贷款的额度是不同的，如果是大城市工作小城市购房，实际并不一定能按照大城市缴存的比例贷款，而如果在小城市工作去大城市购房，公积金的额度又太少。张大伟还指出，因为涉及到两个城市的互认，对于很多开发商和二手房房主来说，是否接受异地贷款还不能确定。

上海易居房地产研究院副院长杨红旭也谈到，此项政策的实施存在两大壁垒：一是政策壁垒，公积金归地方公积金管理中心统一调配，所以地区间协调有一定的制度障碍;第二个是利益壁垒，有些地区的公积金是用来支持当地的住房保障和棚改房的开发贷款，每个地方政府都不希望自己的资金被他人使用。所以，公积金异地贷款想要真正落实，这两个壁垒必须要突破。

此外，也有购房者对手续办理的难度表示了担忧，张女士告诉中新网房产频道，“能够实现公积金异地贷款当然好，但这手续办下来恐怕要费一番功夫。”王先生也提到，“不清楚‘审核确认符合资格后出具证明’具体得跑多少趟，往返两地办申请，精力金钱花不少，希望流程能再简便点。”