我国事业单位当前的绩效工资制度存在内在的制度缺陷。事业单位人员工资标准一直参照公务员工资标准执行，一旦对其进行绩效工资改革，事业单位职工普遍担心会使他们的利益受损。绩效考核体系的不健全，绩效指标设置不科学也将给事业单位绩效工资改革带来很大阻力。绩效工资通常按照工作年限、岗位等级、资历等进行区别。一些年龄大、绩效平平的人因而能够享受高工资，而刚入职的年轻人虽有才华，工资收入却往往很低。而且，从已经实施的绩效工资改革效果来看，绩效工资改革的激励作用尚不明显，绩效工资改革容易变成一种普涨工资的期待，而且也容易造成管理层权限的过度膨胀。

　　事业单位绩效工资发挥着提高公共服务质量，激发员工工作动力的双重作用。由于事业单位与政府部门和企业的性质与职能不同，其绩效工资不应根据利润最大化原则设置，而应围绕事业单位所提供的公共性服务的质量来设置。事业单位绩效工资的发放要与整个社会的发展阶段相适应，要缩小不同地区之间同类事业单位之间绩效工资的差距，还要缩小同一地区内不同事业单位之间的收入差距，缩小营利性事业单位与非营利性事业单位之间的绩效工资差距。另外，在进行事业单位绩效工资改革的时候，一定要保证事业单位绩效工资对公众的透明度。

再完善：财政支持方式

　　在市场经济条件下进行的事业单位机构改革，要将事业单位改革与财政体制改革紧密结合起来。

　　事业单位在国人眼里似乎就是一个旱涝保收的行政部门，原因就是事业单位背后的财政保障，而这种制度安排的后果就是沉重的政府财政负担。由于最初对事业机构的设置不科学，使得尽管每年政府财政支出中有相当一部分用于事业单位，但事业单位经费有相当一部分用于工资性支出，无力发展社会事业，造成事业单位无事业的尴尬局面。同时，由于财政拨款预算体制对事业单位经费管理缺乏定性和定量相结合的分析，国家拨款和自行筹资部分界定不清晰，预算管理缺乏透明度。例如基础教育、公共医疗等项目却得不到充足的政府财政资金支持。

　　鉴于这种情况，进一步界定事业单位财政支出范围，逐步解决财政职能缺位与越位的问题显得尤为重要。一方面，要改变过去那种在传统体制下形成的财政包揽面过大，财政支出几乎覆盖到事业单位各领域，一些本应由市场解决的问题被纳入财政支持范畴的越位问题，另一方面要解决好财政职能不到位，那些应由财政支持的事业单位却得不到应有的资金保障的缺位问题。