专业学科学校现有70个本科专业，其中国家级特色专业6个、省级特色专业7个、省级重点建设专业8个、省级品牌专业3个。有省部级重点学科25个，一级学科博士后科研流动站1个，一级学科博士学位授权点3个，二级学科博士学位授权点11个，一级学科硕士学位授权点12个，二级学科硕士学位授权点56个。有农业硕士、兽医硕士、工程硕士、翻译硕士、体育硕士、风景园林硕士6个专业学位类别。有在职人员申请硕士学位审批权和外国留学生招生权。现有国家农科专业基础实验教学示范中心、农业生物多样性应用技术国家工程研究中心、省部共建国家重点实验室、国家级新农村发展研究院和中国—东盟教育培训中心等国家级教学、科研和社会服务中心5个;拥有教育部重点实验室、国家农业农村大数据中心云南分中心、云南省协同创新中心、工程技术研究中心、院士工作站等33个省部级科研平台;云南省高校作物种质创新及可持续利用重点实验室等16个云南省高校重点实验室和研究中心;云南省生物多样性和生物技术创新人才培养基地、云南省环境科学与工程创新人才培养基地各1个;学校还建有24个校级研究所(中心)、校内实验农场和实习工厂及158个校外实践教学基地。

人才培养学校始终从云南省经济社会发展需要的实际出发，开学养正，育人为本，因材施教，呕心培育边疆民族人才。办学初期，农业教育家汤惠荪、农学家张海秋、育种学家诸宝楚、植物病理学家段永嘉、烟草学家徐天骝、生物统计学家昝维廉、园艺学家蔡克华等为代表的一批学术先贤开创了边疆农大办学基业，先人风范激励着一代代学子践行“厚德博学、明理尚农”之校训。办学七十多年来，为社会培养了10万余名具有“科学情操、大地情怀、农民情结”专业人才。其中，水稻育种家、全国先进工作者归侨邓友成，献身彝区五十年，育成“楚粳”系列水稻品种，推广面积占云南省中海拔地区水稻种植面积50%以上;烟草育种专家、“全国烟草行业劳动模范”李永平，育成“云烟85”和“云烟87”品种，推广面积占2007年全国烟草种植面积的56.7%;全国“五·一”劳动奖章获得者崔秀明，立足边疆苗岭壮乡，成为开创“三七之乡”支柱产业科技领军人;畜牧专家马崇文扎根基层第一线，成为“感动中国畜牧兽医科技推广功勋人物”;“全国杰出创业女性”李海燕自主创办的昆明华曦牧业集团，成为国家级扶贫龙头企业;省市两级龙头企业昆明兴海绿化有限公司总经理梁红，其公司连续5年产值超亿元;昆明轩庆生物科技有限公司总裁张明富，创办集生产、物流、销售、服务为一体的电子商务企业，不到2年就完成1亿元销售。云南省农业高级技术人员80%以上、农业技术推广站(所)负责人80%以上、县乡主管农业的领导80%以上是我校毕业生，少数民族毕业生占30%以上，他们既熟悉少数民族文化、又掌握现代农业科技和管理知识，扎根边疆民族地区孜孜以求，勤奋工作，为增进民族团结、边疆稳定，促进边疆民族地区社会经济发展做出了重要贡献。