新农合基金和城镇居民医保基金统一为城乡居民医保基金。 

从执行上看，在实现城乡居民医保并轨的地区，绝大部分是由人力资源和社会保障部门管理和经办，但也有并轨到新农合系统的地区，如安徽省界首市、宁国市。 

根据人社部的最新统计，目前我国三项基本医保制度(城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新农合)覆盖人数已经超过13亿人。 

随着全民医保体系基本形成，整合城乡居民医疗保险体制也被确定为既定方向。2013年3月召开的第十二届全国人民代表大会第一次会议审议通过的国务院机构改革和职能转变方案曾提出，职工医保、城镇居民医保、新农合的职责要整合为由一个部门承担，并明确整合工作要在当年的6月底前完成。 

专家认为，城乡医保并轨完成后，不仅两者在定点医院范围、用药药品目录、诊疗项目目录和服务设施目录等方面可以实现资源共享，对参保人而言，门诊病种有望增多，结算也将快捷省事。 

两年多来，各界对于医保城乡一体化的呼声十分强烈。不过从全国范围来看，医保制度并轨任务进展缓慢，人社部经办城镇居民基本医疗保险、卫计委经办新农合导致的医保管理体制分割的局面未有明显改观，且在城镇化过程中出现了一系列待遇失衡和制度衔接上的问题，重复参保、待遇重复享受、多头报销等现象依然存在。 

“当前基本医疗保障制度间既有交叉又有断裂，管理部门的分散也带来了财政的重复投入和管理上的相互掣肘，存在着重复建设、信息不兼容的问题，管理层面也存在协调上的困难。”中央财经大学社会保障系主任褚福灵对《经济参考报》记者表示，随着我国城乡一体化的快速发展，整合城乡基本医疗保险制度的管理势在必行。 

对此，国家卫生计生委副主任马晓伟年初曾透露，城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险和新农合的“三保合一”暂且做不到，但城市居民和新农合可以做到“两保”先合，政策制度争取今年合并。 

全国人大财政经济委员会此前针对人社部关于落实全国人大常委会对统筹推进城乡社会保障体系建设工作情况报告的审议意见报告也提出，要在2015年11月前完成研究制订整合城乡居民基本医疗保险管理体制改革和试点实施意见的工作。 

业内人士建议，应协调各部门工作，完成两制度从职能、机构、编制、人员、基金、资产等各方面的整体合并。同时，应统一制定政策法规，衔接好运行机制。同时进一步细分政策标杆和政策标准，如在打破城乡身份的同时，按不同收入水平分类的方法制定有区别的医保待遇政策；根据不同的医保支付方式，确定个人费用分担比例的标准，减少“一刀切”的普惠政策带来的福利刚性弊端，增加政策的针对性和差异性。