1999年，经国务院批准，原国家经贸委所属10个国家局管理的242个科研机构、中央所属的178家工程勘察设计单位以及原建设部等11个部门所属的134个科研机构改革了管理体制，实行属地化、企业化管理，这些转制的科研机构实行城镇企业职工养老保险制度。2000年，国务院《关于印发完善城镇社会保障体系试点方案的通知》规定，公务员和全部由财政供款的事业单位维持现行养老保险制度，部分财政供款事业单位的养老保险办法在调查研究和试点基础上分别制定，要求已进行改革试点的地区继续完善和规范。2001年，原劳动和社会保障部发布《关于职工在机关事业单位与企业之间流动时社会保险关系处理意见的通知》，其中对职工在机关、事业单位和企业之间流动时转移各项社会保险关系作了规定。

2006年，原人事部、财政部印发《关于印发<关于机关事业单位离退休人员计发离退休费等问题的实施办法>的通知》明确，事业单位工作人员退休后的退休费按本人退休前岗位工资和薪级工资之和的70%—90%计发(退职人员按50%—70%计发)。

2009年，为推动事业发展，发挥绩效工资的激励约束功能，经国务院批准，事业单位分三步走实施绩效工资制度。在职职工领取绩效工资，对离退休人员发放生活补贴。生活补贴标准由县级以上人民政府人事、财政部门确定，绩效工资不作为计发离退休费的基数。因此，目前事业单位退休人员待遇分为两个部分：一是按本人退休前岗位工资和薪级工资之和的一定比例计发的基本退休费;二是属地化的生活补贴，即替代绩效工资的部分。

2008年，国务院原则通过了《事业单位工作人员养老保险制度改革试点方案》，确定在山西、上海、浙江、广东、重庆5省市先期开展试点，与事业单位分类改革配套推进。2009年1月，国务院要求5个试点省份正式启动此项改革，实现企业与机关事业单位之间制度能够衔接，事业单位养老保险制度改革与企业基本一致。