学校生理学为国家重点学科，生物学、公共卫生与预防医学、临床医学3个一级学科设有博士后科研流动站，细胞生理学实验室为省部共建教育部重点实验室，临床技能实训中心、基础医学实验教学中心为国家级实验教学示范中心，重症医学、泌尿外科学、中医护理学、骨科学、肾病学、普通外科学、老年病学、急诊医学、风湿免疫学、护理学、病理学、眼科学、心血管内科13个学科为国家临床重点专科。生物学为山西省优势重点学科，公共卫生与预防医学、临床医学、护理学为山西省特色重点学科。另有省重点学科10个、省级协同创新中心1个、省级重点实验室10个，省重点科技创新平台等省级重点教学、科研平台10个。

学校科研发展势头良好，科研实力显著增强，科技水平稳步提升。“十二五”期间，科技总经费39456万元；共承担省级以上科技计划项目2074项，其中国家自然科学基金项目190项；发表科研论文9800余篇，其中第一知识产权SCI收录论文800余篇；获专利授权114项，出版著作176部；获省部级科技奖励166项。

学校与美国、德国、澳大利亚、意大利、日本、新加坡以及香港、台湾等多个国家和地区的大学和机构建立了教育、科技、医疗合作关系，并开展了多项实质性的交流合作。

经过九十八年的薪火相传，经过几代人的艰辛拼搏，山西医科大学取得了辉煌成就。在未来的征程中，学校将适应教育发展新常态，继承优良办学传统，紧抓发展机遇，加快发展步伐，为全面建成国内先进、特色鲜明的教学研究型医科大学而努力奋斗。