办学历史可追溯到1896年（光绪22年）由清政府创立、盛宣怀督办的南洋公学，是中国高等教育的数个发端之一。1921年改组为交通大学（ChiaoTungUniversity）；而后复遭波折，历交通部南洋大学、交通部第一交通大学、国立交通大学（上海本部），至1949年剔去“国立”二字，径称“交通大学”。1959年7月31日，国务院批准交通大学上海部分、西安部分分别独立为两所学校，交通大学上海部分定名为“上海交通大学”。1999年，原上海农学院并入。2005年7月，上海第二医科大学并入上海交通大学。
上海交通大学是中国最著名的高等学府之一，在工学、商学、医学领域拥有崇高的学术影响力。
2016年5月，上海交通大学成为国务院首批双创“高校和科研院所示范基地”
