为适应高等教育发展的需要，建院升本之初，学校以科学发展观为指导，在深入调查研究的基础上，制订了“353”三步走的发展战略：第一步，2005-2007年，基本完成学科专业、培养模式、管理体制的结构性调整，逐步扩大本科办学规模。第二步，2008-2012年，全方位提高办学水平，基本实现专业教育本科化，完成二期工程首批建设任务，顺利通过教育部本科教学工作水平评估。第三步，2013-2015年，在稳定办学规模的前提下，突出内涵发展，全力提高办学质量。

2012年3月，学校第二次党代会胜利召开，明确了今后五年学校事业发展的主要目标是：办学规模方面，全日制在校生达到2.2万人，成人教育、远程教育、职业技术教育在籍生达到1.3万人；办学条件方面，建筑面积达到58万平方米，教学科研仪器设备总值达到1.3亿元，馆藏纸质图书200万册；学科专业方面，本科专业达到58个，建成省级品牌专业3个，省级重点学科5个，省级重点实验室或人文社科基地4个，成为专业硕士学位授予权单位；人才队伍方面，专任教师达到1000人以上，其中具有硕士学位以上的教师超过70%。同时，通过鼓励科研创新，提升社会服务能力，扩大开放办学，创新人才培养模式，争创山东省应用型人才培养的特色名校，努力建设基础扎实、特色鲜明、应用型人才培养成绩突出的优秀地方综合性本科大学。

根据学校发展目标，经过几代学院人的不懈努力，学校初步实现了规模、质量、结构、效益协调发展，多项工作取得了突出成绩，先后获得省级文明单位、省级花园式单位、山东省高校教学管理先进单位、山东省教师教育工作先进单位、山东省高校思想政治工作创新奖、山东省师德建设先进集体、山东省高校校园文明建设先进单位、山东省高校平安校园、山东省高校绿化管理先进单位等多项荣誉和奖励。

随着改革开放的不断深入，伴随着中国高等教育迅速发展的步伐，学校办学规模将不断扩大，办学层次将逐步提升，作为鲁西南文化传播中心、现代科技创新基地、培养高素质人才摇篮的作用将更加明显。菏泽学院必将成为花城菏泽一道亮丽的风景线，成为京九线上一颗璀璨的明珠。