学校坚持走科研兴校之路，不断完善科研管理体制，浓化校园学术氛围。近年来，我校承担国家自然科学基金项目3项、国家社科基金项目1项，省部级科研项目80多项，出版专著100余部，发表研究论文3600余篇，其中被国际三大索引收录论文近400篇。获国家专利9项，其中发明专利2项。音乐系被确定为山东省非物质文化遗产研究基地，“水浒文化研究基地”被批准为省级重点人文社科研究基地。作为学校科研园地的《菏泽学院学报》，在第四届全国高校社科期刊评比中再次荣获“全国高校优秀期刊”。

学校积极开展合作办学、合作育人、合作发展。与美国沙罗斯州立大学（SulRossStateUniversity）开展“2+2”学士学位和“3+1+1”硕士学位学生培养项目；先后与山东农业大学、青岛大学等签订战略合作协议，在人才培养、学科发展、队伍建设和科学研究等方面开展多方位合作；与知名企业合作共建了计算机科学与技术（3D仿真设计方向）、经济学（金融理财与金融服务方向）等专业；制定了《菏泽学院服务菏泽科学发展行动计划（2011-2015）》，校地合作更加紧密。

按照学校发展规划，全校师生拼搏进取，学校教学质量和科研水平明显提高，规模、质量、结构、效益协调发展，先后获得省级文明单位、省级花园式单位、山东省高校教学管理先进单位、山东省教师教育工作先进单位、山东省高校平安校园等多项荣誉称号和奖励，已发展成为鲁西南地区基础教育师资的摇篮、应用型人才培养的基地、科技创新的平台、文化建设的窗口。

随着改革开放的不断深入，全校师生将以十八大精神为指导，进一步解放思想，开拓创新，努力把学校建设成为一所适应经济社会发展需要、学科专业结构合理、校园环境和谐优美、人民群众满意信赖的应用型人才培养特色名校。