嘉靖初年，因祖父去世而离职。(后)补任滁州。多次升迁至南京吏部郎中，调出任陕西提学佥事。因贡入国子监的生员有五人以上考试不合格而获罪，被贬为滨州知州。再迁任固原兵备副使。泾、汾大盗李孟春，流窜抢劫黄河东、西，王邦瑞剿平了他们。因祖母去世离职。守丧期满，又担任陕西提学，转任参政。因母亲去世离职。起用提升为右佥都御史，巡察安抚宁夏。敌寇乘河水结冰进犯，王邦瑞设伏击败了敌寇。改任南京大理卿。未上任，召为兵部右侍郎。改任吏部，进升左侍郎。
俺答进犯都城，(朝廷)命王邦瑞总督九门。王邦瑞把禁军驻扎在城外，以巡捕军驻守东、西长安街，大开城门，接纳四郊躲避敌寇的百姓。兵部尚书丁汝夔被关进牢狱，(朝廷)命王邦瑞代理兵部事务，同时督察团营。敌寇退却，请求奖惩各将功过，并且疏浚九门濠沟，都被回复可以。王邦瑞见军营制度长期松弛，极力陈述其弊端。于是废置十二团营，全都归入三大营，让咸宁侯仇鸾统管。王邦瑞也改任兵部左侍郎，专门督察军营事务。又条列呈上兴办废除的六件事。其中说宦官掌管兵权，是古今的大患，请求完全撤回监军的宦官。皇帝回复依从了他。
仇鸾向皇帝诬陷王邦瑞，皇帝的信任渐渐转移。恰逢仇鸾奏请革除蓟州总兵官李凤鸣、大同总兵官徐珏的官职，而举荐京营副将成勋代替李凤鸣，密云副将徐仁代替徐珏。圣旨从宫中直接下达。王邦瑞说：“朝廷改换将帅，必须要采纳公卿的意见，由皇帝决断，以此来谨慎防止和杜绝祸乱的苗头，表示臣下不敢专断。况且京营大将与各镇将领互不管辖，为什么为了京营，却贬斥各镇守将。如今曲从仇鸾请求，臣担心九边将帅都奔走依附，这不是国家的福分。”皇帝不高兴，下诏书责备他。仇鸾又想节制守边将领，停止修筑蓟镇的边墙。王邦瑞都认为不可行。仇鸾非常恨他，更加肆意进谗言诬陷他。恰逢王邦瑞又陈述剿抚大计，(皇帝)于是下严厉的诏令免去他的官职，让他以一般官吏的身份办事。过了几天，官吏考核时自我陈述。最终被除去官籍，让赵锦代替。
王邦瑞离职，仇鸾更加专横，第二年被杀，赵锦也因结党定罪贬戍边关，于是皇帝渐渐思念王邦瑞。过了十年，京营缺人，皇帝说：“非王邦瑞不可。”就起用他任原来的官职。王邦瑞到了京营以后，上书根据具体情况办理的几件事，都被允许施行。过了一年去世，追赠太子少保，谥号襄毅，派行人护送灵柩回乡安葬。
王邦瑞严正刚毅，有才识和气量。做官四十年，以廉正有节操著称。儿子王正国，任南京刑部侍郎。
