学校坚持以学科建设为龙头。现有江西省“十二五”高水平学科1个(生物学)，省重点一级学科1个(马克思主义理论)，省重点二级学科3个(原子与分子物理、物理化学、计算机应用技术)。现有教育部高校人文社科重点研究基地1个（中国共产党革命精神与文化资源研究中心），国家测绘地理信息局重点实验室1个（流域生态与地理环境监测实验室），江西省“2011协同创新中心”1个（红色文化研究与传承应用协同创新中心），博士后科研工作站1个（江西省生物多样性与生态工程重点实验室），教育部网上合作研究中心分中心1个（循证医学教育部网上合作研究中心井冈山大学分中心），省软科学研究基地1个（江西省创新驱动发展战略软科学研究基地），省高校人文社科重点研究基地2个（井冈山研究中心[一类]、庐陵文化研究中心），省研究生教育创新基地1个（社会工作硕士）；省重点实验室2个（配位化学实验室、生物多样性与生态工程实验室），省教育厅重点实验室1个（生态环境与资源实验室）。

学校高度重视科研工作，培养科研团队，打造科研平台，促进产学研结合，提升协同创新能力。自2005年以来，学校获国家社会科学基金、国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家重大专项四大类国家级科研项目共136项，获省部级科研项目737项，教师发表学术论文9360余篇，被SCI、EI、ISTP收录791篇，出版学术专著、教材411部。

学校坚持开放办学，积极推进国内外合作与交流，不断提升教育国际化水平。学校与同济大学、厦门大学、武汉大学、中央音乐学院、广东外语外贸大学、北京体育大学、上海体育学院等国内知名高校，以及美国、英国、俄罗斯、澳大利亚、韩国、日本等十多个国家的20多所高等院校建立了密切合作关系。每年有近40个专业（涵盖学校招生专业一半以上）优秀学生被选派到同济大学、上海体育学院、厦门大学外、中央音乐学院、武汉大学、广东外语外贸大学等6所高校进行联合培养，有数十名学生选送赴国（境）参加长短期项目学习。

学校主动适应经济社会发展要求，实行按大类招生，宽口径、厚基础的人才培养模式，实施学分制、本科生导师制、双学位制等教学管理方式，注重学生实践能力和创新能力的培养，学生综合素质不断提高。近六年来，学生参加全国“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛、大学生数学建模竞赛、大学生创业计划大赛、大学生艺术展演、大学生运动会等国家级和省级竞赛共获奖1030多项。学校连续多年被中宣部、教育部、团中央、全国学联评为“全国大学生社会实践活动先进单位”，学生社团“爱心社”被评为“全国社区青年志愿者活动先进单位”和“全国百万青年志愿者助残行动先进集体”。近年来，毕业生就业率高于全省平均水平，就业质量稳步提升，应届毕业生考取硕士研究生、公务员、教师和大学生村官等人数不断攀升。