杨玉良在卸任演说中称，“我痛恨一切形式的贪污腐败，尤其是高校当中的、知识分子的贪污腐败……但是复旦需要发展，我们需要向前看，考虑到大局而有许多事情暂时还没做，也有很多该做而来不及做……我相信‘人在做，天在看’，凡是贪污腐败分子，必定无可逃遁!”杨玉良在讲话中透露，自己向上级领导们做过承诺，会不动声色地配合做好复旦校长的更替工作，但是“此时此刻，没有必要‘不动声色了’”，“也许三五年或者更长的时间以后，自然会有对我的正确评价”。这似乎透露出他的一些无奈。

　　被塞满的举报箱

　　在杨玉良突然离职前两周，复旦大学党委刚刚向中纪委提交了一份整改报告。“复旦大学被要求9月底上报，但报告只移送了实验动物部几个人的经济问题，听说有关部门很不满意。”消息人士说，中纪委专项巡视组入驻复旦大学的时候，举报箱被举报者塞满，“得用棍子往里面戳。”

　　在中央巡视组巡视复旦大学前，复旦大学的王正敏院士被学生王宇澄举报学术造假、学历造假、抄袭国外人工耳蜗技术闹得沸沸扬扬。王宇澄曾告诉本报记者，他和其他几位院士曾给杨玉良写过举报信，但没有获得回复。复旦大学学术委员会公布调查结果称：王正敏的专著和院士申请材料中的确存在学术不规范问题，但不能判断为造假。