学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究（GCP）中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心的依托建设单位。学校现有1个国家科技部规范化中药药理实验室、1个省部共建针药结合重点实验室、2个国家中医药管理局重点研究室、4个江苏省重点实验室、8个国家中医药管理局三级科研实验室、1个SPF级动物实验中心。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技平台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园、加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济社会发展服务。

学校治学严谨，学术氛围浓厚，名家云集，人才辈出，涌现出了一批又一批蜚声海内外的专家、学者和教授。近年来，先后有10余人次荣获“国家级有突出贡献中青年专家”、“国家教学名师”、“全国模范教师”、“全国优秀教师”、“全国先进工作者”、“全国师德建设先进个人”等各类全国性荣誉称号和表彰。2009年5月，由国家人力资源和社会保障部、卫生部、国家中医药管理局联合评选表彰的30位“国医大师”中，共有9位是曾经在我校学习或工作过的校友，其中学校周仲瑛教授、第一附属医院徐景藩教授、南通附属医院朱良春教授等3位为我校的终身教授。

学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、中国中医文献检索中心分中心，同时也是首批获国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的高等中医药院校。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力。

半个多世纪以来，学校全体师生医护员工秉承“自信敬业”的校训和“团结奋进、继承创新”的优良校风，在总结五十多年办学积淀的基础上，凝练形成了“仁德、仁术、仁人”的教育理念。2005年11月，学校凭着鲜明的办学特色、雄厚的办学实力和突出的办学成就，在教育部本科教学工作水平评估中被评为优秀。通过近年来的建设与发展，学校的学科专业结构更趋合理，办学规模适度扩展，办学活力显著增强，综合实力明显提升，并已逐渐成为培养高素质、创新型中医药人才的重要阵地，解决中医药发展重大课题的重要基地，推动中医药成果转化为现实生产力的重要力量和促进中医药国际合作与交流的重要平台。