但尼国一些人士也对运河项目提出质疑。路透社报道称，由于投票的不公开不透明，一些批评者将尼国总统奥尔特加称为叛徒，称这是典型的奥尔特加式秘密管理政府的一种方式，很多人对运河的收益，以及是否有必要在巴拿马运河旁再建运河提出质疑。甚至有人称将如此大的项目交给一家名不见经传的香港公司，很可能是奥尔特加为自己的家族及亲信赚了数百万美元的外快。西班牙《国家报》称，HKND集团成立不到10个月，尼国反对派称，这个前身为纸业公司的企业没有任何基建方面的经验，更无法提供如此巨大数额的资金。尼加拉瓜商界领袖也提出了质疑，认为修建法案过于仓促。

　　另一方面，一些生态学家质疑该项目将严重破坏生态环境。据了解，该运河计划接纳船舶的最大吨位在25万吨左右，目前候选路线有6条，涉及尼国境内5个大湖。尽管还未最终确定，但此间分析认为尼加拉瓜湖将难逃一劫，而该湖恰是尼饮用淡水的首要来源。尼国著名生态学者贾巴尔克罗就指出，这么大规模的工程会严重破坏湖泊的未来，这一条线路绝对是不可持续、且对国家发展百害无一利的。