4．按照国务院的部署和授权，负责同台湾当局及其授权社会团体谈判及签署协议文件的有关准备工作。
5．管理协调两岸通邮、通航、通商事务；负责对台宣传、教育工作和有关台湾工作的新闻发布；处理涉台的重大事件。
6．会同有关部门统筹协调和指导对台经贸工作和两岸金融、文化、学术、体育、科技、卫生等各个领域的交流与合作，以及两岸人员往来、考察、研讨等工作，国际会议的涉台工作。
7．完成国务院交办的其他任务。
机构设置：
根据工作职责，国务院台湾事务办公室设10个职能局和机关党委，分别是：秘书局、人事局、综合局、研究局、新闻局、经济局、港澳涉台事务局、交流局、联络局、法规局、政党局、投诉协调局，机关党委。
1．秘书局负责协调机关日常工作；承办文电、秘书、会议、来信来访、保密、通信、信息工作；负责档案、报刊、图书、资料工作及后勤管理等工作。
人事局负责机关人员的考核、任免、调配、劳资和所属事业单位的机构、人员编制工作；组织指导本办及全国对台工作系统干部的培训、教育工作。
2．综合局负责承办海峡两岸关系协会的日常工作；协调有关部门处理涉台的突发事件等有关问题；管理台属及台胞捐赠工作。
3．研究局负责研究台湾局势和两岸关系形势，提出形势报告和工作建议，指导并协调中央和地方有关部门的对台调研工作。
4．新闻局负责协调对台新闻宣传工作，承办涉台新闻发布的具体工作；协同有关部门对干部、群众进行中央对台方针政策的宣传教育。
5．经济局负责协调和指导对台经济工作；做好对台资企业的相关管理与服务工作；负责受理台资企业的经济纠纷并提供服务。
6．港澳涉台事务局负责协同有关部门处理香港特别行政区、澳门特别行政区涉台工作中有关事务。
7．交流局负责审批并管理和协调两岸文化、影视、学术、教育、卫生、体育、民族、出版、宗教等交流事宜；负责大陆人员因私赴台管理工作。
8．法规局负责研究拟定对台法律政策，会同有关部门草拟法律规范，指导和协调涉台法律事务工作。
9．投诉协调局负责处理台商重大投诉案件和台胞、台属来信来访工作。
10．机关党委负责机关党的思想、组织、作风建设和纪律检查工作，领导机关精神文明建设，以及工、青、妇等工作。
领导干部：
主任：张志军
张志军，男，江苏省南通市人，1953年2月出生，大学文化，1971年8月加入中国共产党，1969年6月在中国人民解放军黑龙江生产建设兵团参加工作，1971年9月在北京大学学习，1973年10月赴英国留学。第十一届全国政协委员，中共第十八届中央委员。现任中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室主任。
副主任：叶克冬
叶克冬，男，汉族，1953年9月出生，广西贺州人，1982年5月入党，1969年8月参加工作，大学本科学历，哲学学士。
副主任：陈元丰
陈元丰，男，汉族，1963年12月出生，黑龙江望奎人，1986年6月入党，1982年8月参加工作，中央党校研究生学历。
副主任：李亚飞
李亚飞，男，汉族，1955年8月生，河北满城人，1985年5月入党，1974年2月参加工作，中国人民大学研究生毕业，法学硕士。
副主任：龚清概
龚清概，男，汉族，1958年6月生，福建石狮人，1979年3月入党，1980年9月参加工作，香港公开大学高级工商管理硕士研修班毕业，在职研究生学历，工商管理硕士。
主任助理：龙明彪
龙明彪，男，汉族，湖南华容人，1962年05月出生，1982年06月入党，1983年07月参加工作，大学本科学历。