即使是中央政府没有管辖西域的时期，也与新疆保持着一定的关系。例如，公元45年，西域18国请复置都护，甚至要求以送儿子到洛阳学习当人质。632 年，西突厥迎立泥孰，是为咄陆可汗。泥孰被推举为西突厥可汗后，即派遣使臣至唐朝表示内附。在北宋时期，962 年、965 年以及981 年和983 年，高昌回鹘皆遣使献方物于宋。981 年其王向宋太宗上书时，自称西州外甥。
　　新疆问题早期生成与双泛主义相关。突厥原是公元5世纪前后，生活在阿尔泰山地区的游牧民族的名称。公元552年，突厥建立汗国，其鼎盛时期疆域辽阔，后分裂为东、西两个突厥汗国，随着东西突厥汗国的相继灭亡，其后裔逐渐融入了其他民族之中。11世纪以后突厥这一概念，已不是原先的突厥人，而是对突厥语系诸民族的统称。
　　双泛主义，即泛伊斯兰主义和泛突厥主义思想从20世纪初开始传入新疆。泛伊斯兰主义是19世纪中期阿富汗人马丁鲁提出的，其思想核心是联合所有伊斯兰国家，建立统一的伊斯兰政治实体；泛突厥主义的宗旨是要联合从小亚细亚到中亚的所有突厥语系民族，建立一个统一的突厥帝国。
　　东突厥斯坦是19世纪末期西方者提出的，他们把俄罗斯中亚地区称为西突厥斯坦，而把中国的新疆称为东突厥斯坦，并制造新疆是东突厥人家园的概念。因此东突厥斯坦不是一个单纯的地理概念，而成为一个政治概念。
　　东突厥斯坦独立运动的思想渊源，可以追溯到发祥于奥斯曼土耳其和俄国喀山的鞑靼人社会的泛突厥主义思想和泛伊斯兰主义思想。而让泛突厥主义思想和泛伊斯兰主义思想能够在维吾尔族社会中成长的摇篮，就是大量接受了奥斯曼土耳其和俄国喀山的鞑靼人社会影响的近代维吾尔文化启蒙运动。维吾尔族社会的新型知识分子阶层、一部分宗教人士和新兴的工商业资本家们之所以要发起近代维吾尔文化启蒙运动，就是出于对于民族的危机意识。在当时新疆特殊的双重社会结构下，地域社会中的民族压迫和民族歧视不断加剧；在传统的维吾尔族社会公共管理体系下，民族社会层面上的阶级分化日益严重，所以造成了这种危机意识。
　　由于近代维吾尔文化启蒙运动与东突厥斯坦独立运动之间的这种思想传承关系，东突厥斯坦独立运动深受泛突厥主义思想和泛伊斯兰主义思想的影响，它的基本思想就是推翻中国的统治和争取民族土地的解放，而它的最基本的行动特征，就是攻击和排除一切具有中国符号的东西。东突厥斯坦独立运动的第一个重要的组织特征，就是运动的主要推动者和参加者为维吾尔族知识分子。东突厥斯坦独立运动的另一个重要的组织特征为通过伊斯兰教圣战的口号来号召维吾尔族民众。形成这一特征的原因，既有受到泛伊斯兰主义思想影响的部分，更是缘于当时的维吾尔族社会的现实。
　　清王朝在新疆所构建的政治体制，是把维吾尔族民众看做是满族统治者的属民而禁止他们与汉族社会接触，将维吾尔族居住的新疆看作是满族的领地而禁止汉族向这里迁移，目的就是把维吾尔族纳入到为牵制内地汉族而建立起来的藩部体制里。此体制让维吾尔族身处在伊斯兰教的乌玛与中华文化间的夹缝中，同时也坚决地阻止了维吾尔族民众形成中国人和中国国家的意识，变成一个孵化独立思想的病灶，深深地埋植在了维吾尔族社会的肌体里。这是新疆问题产生的重要根源。