印尼受到中国援助不少，可大规模杀害华侨的事件却一次又一次地发生。1998年5月，东南亚的印度尼西亚共和国爆发了一场骇人听闻的大屠杀，当地华裔居民受到有组织的杀害，华人所拥有的公司、超市、工厂被砸毁、抢劫，华人妇女惨遭轮奸焚烧。
　　1998年11月3日，印尼官方调查机构〝联合实情调查团〞发布调查报告称，印尼华人共计1,250人死亡，24人受伤，85名妇女遭到强奸、轮奸和性骚扰。但这一数字受到了广泛的质疑，依据一些人权组织的估计，遭到强奸的华裔妇女的正确数字应在千人以上。印尼人为什么恨中国人，98印尼华人惨案图片：
　　有目击者说：暴徒们穿着军靴，被人用军用卡车运来。他们点着汽车轮胎和合板墙，把人群从贫民区中引出来。然后他们高喊〝宰了中国人，烧死他们，这些中国狗〞，接着开始抢劫商店和超级市场。
　　还有据目击者及受害者称，看到大批军车赶赴雅加达，从上面下来一群留平头，体格健壮的青年男子，指挥暴民攻击华裔居民，并唆使其纵火、抢劫，强暴并杀害华人妇女。这群人当暴民〝进入角色〞之后，就迅速消失得无影无踪。
　　尽管一系列证据表明，这场暴乱是一起苏哈托政权试图转移社会经济政治危机、由军方直接操纵发动的〝排华〞事件，但时至今日13年过去，暴徒仍没有得到应有的惩处，事件的全部实情也仍未完全披露。
　　印尼〝排华〞暴行披露后，中华民国（台湾）政府向印尼提出〝严正抗议〞，并紧急派出客机营救受难者。
　　美国政府认定是印尼〝排华〞暴动是种族歧视，并以武力威胁施压迫使印尼当局收敛迫害华人的兽行；美国批准受难华裔的〝避难请求〞，并派出军舰从印尼接回了大量华人。这部分华人得以以难民身分进入美国。被救的印尼华人在抵达美国时，在船上打出了〝宁做美国狗，不做中国人〞的横幅。世界各国政府和人民纷纷强烈抗议、谴责印尼当局。联合国亦定此事件为种族骚乱并组成联合调查委员会前往调查。