一，由于B-29飞机的航程有限，原子弹的投放飞机的起飞地点选在距离日本较近的提尼安岛的美国空军基地上，从美国本土运送两颗原子弹到提尼安岛上的步骤是先运送到夏威夷，然后在运送到提尼安岛，由于当时飞机的航程和安全性的限制，这两步过程使用的只能是军舰，这两段路却有很大的危险性，因为虽然日本海军在美军的打击下几乎已经没有了战斗力，但是，日本海军却仍然相当数量的潜艇，即使在战争末期这些潜艇仍然偷袭美军的军舰，即运送原子弹的军舰随时有可能被日本潜艇偷袭，美国怎么会冒那么大的风险用军舰运送原子弹？
二，当时美国制造出的第一批原子弹只有三颗，其中一颗已经在1945年7月16日的新墨西哥州的原子弹实验厂实验，美国怎么敢用仅剩的两颗原子弹去攻击实际上已经没有任何还手之力的日本，而且还是以平民为主的城市呢？而且，美国在未来几个月内不要可能马上在造出原子弹，美国难道没有想到会有可能出现的有、突然事件吗？
三，当时，主要的原子物理的科学家包括爱因斯坦、费米甚至是奥本海默本人都极力反对使用这种威力过大的武器。美国政府难道一点也不尊重这些为他们研制核武器以后还得依赖的科学家的意见吗？
四，电影和照片资料的问题。有很多人看过广岛和长崎原子弹爆炸、后的电影和照片资料，但是，你只要有少许的常识和一些思考，你就回发现这些电影和照片资料中有着诸多的问题。原子弹爆炸过后谁有能力在强烈的核辐射区进行摄影或摄像，日本当时没有任何一种防辐射的装备。即使是少得可怜的电影资料还是有问题，你会发现一些幸存者在爆炸后从废墟中出来后排成行走路，似乎是经过训练的。另外，能在核武器的爆炸中幸存这本身就是不可思议的事。
五，
幸存者的迷惑。从战争结束到今天，从未发现过一个可以直接证明在广岛和长崎有过原子弹爆炸的人。有些幸存者只看到有大火产生，另一些幸存者以自己所谓受到辐射烧伤的伤痕，实际上只是火烧伤的痕迹。没有一个日本人能自身经历的的证据证明在广岛和长崎曾爆炸过原子弹。
六，数字的困惑。当时由于日本的个大城市都受到美国飞机的整天狂轰滥炸，大多数市民都跑到乡下躲避，广岛和长崎也是如此，实际上，据一个在广岛的日本老人介绍，1945年3月以后，在广岛市的市民已经不足五万人了。当他在四月离开广岛到乡下时，广岛的人已经寥寥无几了。当然长崎也是如此，而日本政府最后却称两颗原子弹最后造成近30万人死亡，着实在令人费解。
七，科学证据。美国和德国科学家在广岛和长崎两地进行了土样品的秘密采集，拿回国后经化验发现这些土的土质与普通土几乎没有区别，辐射计量并非超常。根本无法与在核实验基地所采集的土样品的辐射剂量相比。实际上，在受到严重辐射的土地上在几百年内不可能可以生长植物，人在该地区生活也相当危险，这与今天广岛的事实相悖。这更使人们困惑。
八，最有力的证据。美国、中国和澳大利亚的科学家运用巨型计算机的有限元分析法，对在新墨西哥州、广岛和长崎的原子弹爆炸的电影图象资料进行分析后，其结果令他们大吃一惊--三份图象是同一颗原子弹的，也就是三份电影资料是在同一颗原子弹爆炸的不同角度拍摄的,当然应该是在新墨西哥州爆炸的那颗原子弹。
种种令人不解的疑问和新的发现令许多科学家(特别是核物理学家)和历史学家十分困惑,但是,由于这种关于核武器的事件的极其特殊性以及对事实的谨慎态度,另外很多科学家和历史学家都是独立研究,使这种疑问没有通过新闻媒体公布于众。
二 事实与真相
但是,仍然有许多的学术人士要求知道事实真相,从1995年开始,他们通过些秘密的方式与美国政府交涉,要求美国政府解密一些文件，然而却没有得到任何答复。有些美国政府官员说这是些疯子的行为。