学校是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“56所研究生院”、“1959年首批20所全国重点大学”、“1978年88所全国重点大学”、“北京高科大学联盟”之一，入选国家“111计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“21世纪人才强军计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目”，学校由国防科工委、教育部、海军、黑龙江省四方重点共建。
学校前身是始建于1953年的“哈军工”，陈赓大将为首任校长，1970年文革期间，哈军工被林彪肢解，在“哈军工”原址，以海军工程系、原子工程系、导弹工程系为基础，组建哈尔滨船舶工程学院（简称“哈船舶”），1978年再次被评为全国重点大学，1994年，更名为哈尔滨工程大学。
