在公务用车制度改革期初，国家税务总局《关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发[1999]58号）就明确了关于个人取得公务交通、通信补贴收入征税的问题。该文件规定，个人因公务用车和通信制度改革而取得的公务用车、通信补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月“工资、薪金”所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份“工资、薪金”所得合并后计征个人所得税。

公务费用的扣除标准，由省级地税局根据纳税人公务交通、通信费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。

此后，国家税务总局专门下发了《关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（国税函[2006]245号），具体规定为： 
　　一、因公务用车制度改革而

以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。

二、具体计征方法，按国家税务总局《关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发[1999]58号）第二条“关于个人取得公务交通、通信补贴收入征税问题”的有关规定执行。

上述文件明确了不论是以现金形式还是票据报销等方式取得由于公务用车制度改革而发生的车补，都是个人所得税应税收入，在支付个人车补时，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计算和代扣代缴个人所得税。

在实务中，负税人对“扣除一定标准的公务费用”十分关注，是不是各省税务机关对此都作出了扣除标准的规定呢？据查询，目前只有少数省级税务部门有此规定。比如吉林省地税局《关于个人取得的公车改革补贴收入征收个人所得税问题的通知》（吉地税发[2007]69号）规定： 
　　一、实行公务用车制度改革的单位应向当地主管地税机关报送公务用车改革方案，经当地主管地税机关审核同意并报省局备案。公务用车改革方案应载明参加公务用车改革的人员范围、人数、月补贴额度、补贴资金来源、补贴发放及使用管理办法、已参改车辆及没参改车辆的用途等内容。