正是在这样的背景下，l996年8月，中共中央办公厅、国务院办公厅发出了《关于加强社会团体和民办非企业单位管理工作的通知》，明确要理顺关于社会团体和民办非企业单位的管理体制，建立挂靠单位和业务主管部门与登记管理机关双重负责的领导体制，实行分级管理。挂靠单位和业务主管部门对民办非企业单位的申请登记、思想政治工作、财务活动、人事管理以及对外交往等重大活动安排、接受资助等负责管理;登记管理机关主要负责登记的审批工作以及研究制定有关的政策规定，并组织实施，负责对民办非企业单位的活动进行指导和监督检查，依法处理违法行为。登记管理实施统一归口后，社团和民办非企业单位的登记管理统一由民政部门负责，其他任何部门无权审批和颁发证书。该通知要求，要尽快制定法律、法规，明确民办非企业单位的地位作用、权利义务、必备条件以及对民办非企业单位的管理体制，使对包括民办非企业单位和社会团体在内的民间组织的管理，进一步纳入法制化、规范化的轨道。

根据通知的精神，民政部和国务院法制办公室经过广泛的调查、研究和论证，并征求了中央有关部门、一些地方以及一些有代表性的民办非企业单位的意见，拟定了《民办非企业单位登记管理暂行条例(草案)》。草案界定了民办非企业单位的范围，划清了民办非企业单位与社会团体以及事业单位三者之间的界限，特别是从有利于维护政治、社会稳定，又有利于维护正常的经济秩序的角度出发，防止别有用心的人利用民办非企业单位的合法民间组织形式从事危害国家和社会利益的活动，并且防范经济诈骗活动。同时，草案根据民办非企业单位依法承担民事责任的不同方式，确定其恰当的民事主体地位(根据暂行条例第十二条的规定，民办非企业单位可以分为法人、合伙和个体三种民事主体形式)。草案充分体现了既对民办非企业单位加强管理，又维护其合法权益的指导原则。

次常务会议审议并通过了《民办非企业单位登记管理暂行条例》。1998年lO月25日，朱镕基总理签署国务院第251号令发布了该条例，条例自发布之日起施行。与《民办非企业单位登记管理暂行条例》同日发行施行的还有《社会团体登记管理条例》以及《事业单位登记管理暂行条例》。

《民办非企业单位登记管理暂行条例》使用“暂行条例”的字眼，显示了我国对于民办非企业单位的依法管理还处于进一步积累经验的过程中，是进行有中国特色的民间组织法制管理的一个尝试。但是，必须加以说明的是，“暂行”的字眼只是立法上采取的一个具体的技术措施，它并不影响该条例作为国务院行政法规的权威地位和效力，各地方和部门应当积极宣传、认真贯彻执行，民办非企业单位的管理机关、民办非企业单位以及公民必须切实遵守。