1993年9月增加副局长滕国际。

1994年局长余敏赐，副局长郭承焯、滕国际均为党组成员。

1995年年12月副局长增加彭照杉、黄金琳，余敏赐、滕国际、郭承焯、彭照杉、黄金琳为党组成员，余敏赐任书记。同年，9月滕国际任副书记。机构增设省直单位住宅制度改革办公室。

1995年省级党政机关机构改革，机构设置为办公室、财政财务处、房地产管理处、车辆管理处、省直机关国有资产管理处、服务接待管理处、综合管理处(保卫处)、人事教育处、机关党委等九个处室。

1996年7月局长余敏赐免职，滕国际任党组书记、局长，9月任施亚光为党组副书记，10月施亚光任副局长。党组成员由滕国际、施亚光、郭承焯、彭照杉、黄金琳组成。

1998年4月，滕国际任省政府副秘书长。

1999年11月副局长郭承焯退休。

2000年8月，陈秀琴任副局长，副局长黄金琳免职。滕国际为党组书记、局长，党组副书记、副局长施亚光，副局长彭照杉、陈秀琴均为党组成员。

2000年12月闽委办(2000)187号关于我局职能配置、内设机构和人员编制规定，我局是负责省直机关事务工作的机构，为副厅级，归省政府办公厅管理。划出省级大型重要会议接待服务工作的职能，划出省级接待专户会计核算管理的职能，新增省直机关政府采购工作，省直单位中央驻榕单位职工住房补贴经费的管理工作。滕国际为党组书记、局长，党组副书记、副局长施亚光，副局长彭照杉、陈秀琴均为党组成员。内设机构为7个职能处室(均为正处级)，分别是办公室、财务管理处、房地产管理处(省直房改办)、车辆管理处、国有资产管理处、综合服务管理处(保卫处)、人事教育处、机关党委。根据有关规定派驻局纪检组与监察室合置办公。人员编制为行政编制49名。纪检、监察、机关工勤人员8名，离退休干部工作机构及人员编制另行核定。

2002年7月，副局长彭照杉调任省政府办公厅副主任，肖济通任副局长。

2005年6月，因年龄原因，免去滕国际省政府副秘书长、省机关管理局党组书记、局长职务，彭照杉任省政府副秘书长、省机关管理局党组书记、局长。

2007年11月，任命武新生为局党组成员、副局长。

2008年10月，任命林贻武为局党组成员、总会计师。

2010年2月 省政府办公厅正式下发我局“三定方案”(闽政办〔2010〕36号)，标志着我局新一轮机构改革顺利完成。此次机构改革，我局增设公共机构节能监督管理处，增加2名处级领导职数和2个行政编制，加强了住房保障工作职责，职能进一步增强。