或许由于包拯这种铁面无私的性格，被大臣们赏识，所以朝廷于庆历三年(1043年)将包拯调到首都开封。这是自从进京考试之后，包拯第二次来到京城。包拯被任命为监察御史。当时，监察御史虽然没有多大实权，但对包拯来讲，却十分重要。这是因为，从此包拯可以直接参与朝政，并且可以对于朝廷各个方面，尤其是用人等方面，提出看法和建议。实际上，包拯在任监察御史期间，确实对北宋的内政外交，提出过许多批评和改进办法，并且还曾出使契丹(辽国)，出色地完成了任务。

庆历六年(1046年)夏，包拯调任为三司户部判官。当时的三司是中央财政机构，户部掌管全国户口、两税等，户部判官协助三司使的工作。不久，包拯先后担任京东、陕西、河北转运使，转运使负责一路(相当于省)的财政、监察等行政事务。在地方，包拯十分重视体察民情，要求朝廷让百姓休养生息而安居乐业.两年之后，包拯被召回开封，提升为户部副使。在此期间，他曾前往河北解决军粮问题，又曾到陕西解决运城(今属山西)盐业问题。在河北，他奏请用作养马的田地，还给地方和农民。在运城，他改革盐税法令，以便利于商贩经营盐业。

出色的工作，利国利民的成效，使包拯在皇祜二年(1050年)被擢升为天章阁待制、知谏院。天章阁是存放朝廷图书文献的地方，待制之衔，有名而无权。包拯又叫包待制，不过是对他的尊称。然而，知谏院即兼任谏官之职，却十分重要。谏官的任务是向皇帝进谏朝政的弊端，它可以涉及朝政的所有方面.在包拯兼任谏官期间，不但对横行不法的权臣屡次抨击，而且对时政的许多方面，提出了革新建议。可惜的是，两年之后，包拯改命为龙图阁直学士，这也是个虚衔(从此人们又称他为包龙图)，并且又一次离开京城，到河北、庐州、池州(今安徽贵池)，江宁(今江苏江宁)等地任地方官。直到至和三年(1056年)才回到京城，任开封府尹。嘉祜四年(1059年)，包拯以枢密直学士、权三司使等官职，上升为当时重臣。第二年升任三司使和枢密副使，相当于副宰相之职。但是，年过六旬的包拯，这时已经夕阳西下。嘉祜七年(1062年)五月二十五日，包拯病死在开封。仁宗皇帝到包拯家中向包拯最后一别，追认他为礼部尚书，赐谥“孝肃”，所以包拯死后又叫包孝肃。他晚年在家里立了一块石碑，上刻《戒廉家训》道："后世子孙仕宦，有犯赃者……非吾子若孙也。"他的事迹长期流传民间，过去小说、戏曲多取为题材。元杂剧已有《陈州粜米》等作品。以后流传日广，形成丰富的传说。遗著有《包孝肃奏议》。