事业单位绩效工资改革是事业单位改革的重要环节，关乎公平和效率。虽然国务院已经确定了分三步走，全面推进事业单位实施绩效工资改革，但如果具体实施起来，操作难度非常大。原因很简单，绩效工资改革涉及的事业单位类型多样，数量多，各单位情况千差万别，涉及人员众多，不好一概而论。

　　我国事业单位当前的绩效工资制度存在内在的制度缺陷。事业单位人员工资标准一直参照公务员工资标准执行，一旦对其进行绩效工资改革，事业单位职工普遍担心会使他们的利益受损。绩效考核体系的不健全，绩效指标设置不科学也将给事业单位绩效工资改革带来很大阻力。绩效工资通常按照工作年限、岗位等级、资历等进行区别。一些年龄大、绩效平平的人因而能够享受高工资，而刚入职的年轻人虽有才华，工资收入却往往很低。而且，从已经实施的绩效工资改革效果来看，绩效工资改革的激励作用尚不明显，绩效工资改革容易变成一种普涨工资的期待，而且也容易造成管理层权限的过度膨胀。

　　事业单位绩效工资发挥着提高公共服务质量，激发员工工作动力的双重作用。由于事业单位与政府部门和企业的性质与职能不同，其绩效工资不应根据利润最大化原则设置，而应围绕事业单位所提供的公共性服务的质量来设置。事业单位绩效工资的发放要与整个社会的发展阶段相适应，要缩小不同地区之间同类事业单位之间绩效工资的差距，还要缩小同一地区内不同事业单位之间的收入差距，缩小营利性事业单位与非营利性事业单位之间的绩效工资差距。另外，在进行事业单位绩效工资改革的时候，一定要保证事业单位绩效工资对公众的透明度。