年薪制虽有诸多优点，但也有弊端。体现为：
第一，高级管理人员年薪最高多少，最低多少为合理，无客观标准。我国是低收入的发展中国家，与美、英发达国家不能攀比。就是在国内，不同地区经济发展水平差距很大。甚至同一地区，但不同行业、不同企业间造成企业效益差距的非经营性因素也很多，因而这种薪酬制度不具备太大的参照性。
第二，建立企业家职业市场和利益风险机制是推行年薪制的基本条件。在企业家职业市场化条件下，企业高层经理人才的收录、登记、评价、推荐和跟踪考察工作，由权威的社会中介组织负责。年薪制的普遍推行需要企业内部和外部条件相配合。具备条件情况下，年薪制可能利大于弊，不具备内外条件强行推行弊大于利。
