学院有着悠久的历史传承和深厚的文化积淀。其前身——鄂尔多斯市农牧学校创建于1978年。建校35年来，共为社会培养了2万多名优秀毕业生，为地区经济、文化发展做出了卓越贡献，成为推动工农牧业发展的中坚力量。1987年7月，被命名为自治区级文明单位；1999年底，被命名为自治区级精神文明单位标兵；2005年3月被教育部认定为国家级重点中等职业学校。目前拥有国家级示范专业——畜牧兽医专业，国家级实训项目投资基地和自治区级精品专业——机电专业。
心怀“天骄之地职业教育的旗手，广袤草原遍育英才的明珠”的宏大愿景，鄂尔多斯生态环境职业学院正以生态环境建设工程、绿色食品生产与检测、园林、动物医学等专业为建设重点，积极打造以高职教育为主体，中职教育为辅助，成人函授和各类职业培训为补充的多元办学体系，以人才输出助力鄂尔多斯市的转型发展再铸辉煌。