近年来学院先后成立了女性文化研究所、西域文化研究所、应用数学研究所、经济管理研究所、计算机应用研究所、西域体育文化研究所、环境科学研究所等研究机构。学院与山东大学、吉林大学、厦门大学、陕西师范大学、北京林业大学、兰州大学、中国石油大学建立了长期对口支援关系,并与山东大学、陕西师范大学联合培养本科生。2012年学院通过化工、材料工程专业的硕士学位评估验收,并开始招生。
承优良传统,载多年积淀,在新的历史发展时期,学院将秉承“惟德惟才,笃学笃行”的校训精神,坚持以培养应用型人才为中心,进一步发挥自身办学优势和重点学科特色,全面提高教学质量、科研水平和社会服务能力,努力把学院建设成为具有鲜明特色,教学科研同步发展、服务地方经济建设的高水平大学,使昌吉学院成为新疆高等教育界一道亮丽的风景线。