学校有1个教育部省部共建新疆维吾尔族高发疾病研究重点实验室，1个科技部省部共建国家重点实验室培训基地(新疆维吾尔自治区重大疾病医学)；有地方病分子生物学实验室、包虫病基础研究实验室、新疆心血管病研究实验室、新疆名医名方与特色方剂学实验室、新疆医学动物模型研究实验室、新疆肿瘤学实验室、新疆围术期器官保护实验室、新疆呼吸病研究实验室等8个自治区级重点实验室；有呼吸生理病理实验室、病原生物学实验室、新疆特色药材标准化重点实验室、新疆特色资源、环境与健康实验室、新疆代谢病重点实验室5个自治区教育厅重点实验室；有中维西医结合临床、中医骨伤科学、中医各家学说、中医皮肤病学、中医老年病学、临床中药学、中医络病学（培育）、中医文化学（培育）8个国家中医药管理局重点学科；有内科学、外科学、妇产科学、影像医学与核医学、麻醉学、病原生物学、中西医结合临床、生药学、药理学、肿瘤学、中医方剂学（培育）11个自治区级重点学科；有19个自治区级研究所（中心）。有2个博士后科研工作站（新疆维吾尔自治区中医院博士后科研工作站、新疆维吾尔自治区肿瘤医院博士后科研工作站），有临床医学、公共卫生与预防医学、药学3个博士后科研流动站；有2个一级学科博士学位授权点，25个二级学科博士学位授权点，1个专业博士学位授权点；有10个一级学科硕士学位授权点，69个二级学科硕士学位授权点；我校是全国第三批、新疆第一家博士授权单位（1986年），是新疆唯一临床医学专业学位博士研究生（MD）培养单位，是临床医学、口腔医学、公共卫生学、药学、中药学等专业学位硕士研究生培养单位。

在教育教学上，新医大长期坚持“严进严出、严格管理、从严治教”的教学理念，不断改善教学条件，强化教学管理，努力构建起了各民族医学人才教育教学质量共同提高、协调发展的培养模式。高度重视“以德育人”，遵循“以学生为主体，以素质教育为基础，以大学生思想政治教育为中心”的育人理念,向着全员育人、全过程育人、全方位育人的德育格局发展。

在科学研究上，多年来新疆医科大学始终围绕新疆重大疾病、特高发疾病防治及区域特殊药物资源开发展开科学研究工作。在新疆少数民族特高发疾病学、中维西医结合学、包虫病学等特色学科上，取得了可喜的成绩，在国内外产生了一定的影响。学校科研项目和科研经费不断增，2009-2016年期间分别获国家自然科学基金项目44项、65项、66项、77项、88项、92项；省部级科研项目2009-2016年期间分别获省部项目64项、113项、147项、159项、189项、222项。各类科研经费额由1998年的26.8万元增加到2016年的10915万元。