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新疆医科大学是一所集医疗、卫生、药学教学和科研为一体的综合性医科大学，目前内设17所学院(中医学院、基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、成人教育学院、厚博学院、公共卫生学院、药学院、成教学院、护理学院、医学工程技术学院、国际医学教育学院、研究生院、语言学院)，2个部(人文社会科学部、体育教学部)，4个系(中医系、口腔系、针灸骨伤系、中药系)，5所附属医疗机构。

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