学校有附属医院(含临床医学院)10所，其中9所综合性附属医院(含临床医学院)均为三级甲等医院，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）、附属厦门第一医院附属漳州市医院、附属泉州第一医院和附属三明第一医院；附属口腔医院1所。此外，有临床教学医院26所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。
目前，学校有临床医学博士后科研流动站1个，科研机构65个，福建省“211”工程重点学科2个，省重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，学校重点学科6个，省医学重点专科6个，省领先医疗特色专业5个，省高校重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积25233平方米，图书、资料153万册，是福建省医学图书中心馆。
“十一五”期间，我校将以党的十七大精神为指导，推进学校新一轮发展，成为办学规模适度，学科结构合理，办学层次较高，整体实力较强；以普通本科教育为主，加快发展研究生教育和长学制医学教育；以医学为主，理学、管理学、法学等多学科协调发展的教学研究型省属重点医科大学，成为海峡西岸高级医药卫生人才主要培养基地、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内同类高校的先进行列。
经过高考的洗礼，欢迎福建医科大学新生们步入了向往已久的大学殿堂。然而大学不是天堂，也不是娱乐场，而是步入职业前充电加油的场所，大学也会与想象中的不一样，原先升学的愿望已实现，新的目标尚未找到，难免陷入暂时的迷茫，同时也感觉到大学与中学有着截然不同的生活、学习方式，需要尽快转变角色，适应大学生活。为了让各位学子快速融入大学生活中去，入学全功率，送给福建医科大学所有新生。
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