学校现有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院4所直属附属医院，附属第三医院正在建设中，同时在福建省设有省立临床医学院、福总临床医学院等非直属附属医院和临床医学院12所。此外，有临床教学医院22所，专业实践教学基地58个，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络，有效保障了临床与实践教学的需要。

学校现有教职医护员工10134人（含附属医院），其中校本部1274人。在1263名专任教师中，具有博士学位占40.32%，研究生学位以上占82.37%，高级职称占63.64%。博士生导师108名，硕士生导师802名。国家“千人计划”人选1人，“南丁格尔”奖章获得者1人，国家有突出贡献中青年专家4人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选6人，教育部新世纪优秀人才支持计划人选3人，卫生部有突出贡献中青年专家5人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，全国高校优秀骨干教师1人，享受国务院特殊津贴专家110人，福建省“百人计划”人选6人，福建省“外专百人计划”人选1人，福建省高校领军人才1人，“闽江学者奖励计划”人选14人，福建省优秀专家23人，“福建省百千万人才工程”人选63人，福建省杰出人民教师3人，福建省杰出科技人才4人，福建省高校教学名师14人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选41人，福建省高校杰出青年科研人才培育计划17人，福建省优秀人才6人，福建省高校创新团队6个，海西产业人才高地领军人才1人。

学校拥有良好的科研条件，现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，2个院士工作站。拥有肿瘤免疫药物开发国家地方联合工程研究中心，福建省创新抗体药物技术重大研发平台，福建省唯一的新药安全性评价中心，构建了完整的创新药物研发链。具有省部共建教育部重点实验室1个，省级重点实验室4个，省“2011协同创新中心”1个，省级工程研究中心1个，省高校重点实验室9个，承担着大量的科研任务，成果显著。“十二五”期间，获国家自然科学基金项目200多项，发表SCI收录论文近2200篇，获授权国家发明专利67件，省部级以上科技成果奖32项，其中国家科技进步奖（合作单位）二等奖1项。

学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积2.56万平方米，图书、资料288.6万册，是福建省医学图书中心馆。